Untuk sedikit memperluas jawaban 'Tidak' sebelumnya, bukan hanya kernel, tetapi OS yang lain membuat perbedaan besar. Aplikasi yang dikembangkan untuk linux mengharapkan seperangkat perpustakaan tertentu (bit kode bersama) untuk ada dan melakukan apa yang diharapkan aplikasi. Mereka juga terkadang mengharapkan struktur sistem file tertentu dan dependensi lainnya.
Tidak semua distribusi linux menyertakan pustaka yang sama, tata letak sistem file, atau memiliki perbedaan lainnya. Itu sebabnya Anda akan sering melihat aplikasi linux didistribusikan sebagai file .tar.gz dengan skrip untuk dikompilasi sendiri; yang membuatnya sedikit lebih lintas-platform.
Beberapa executable, seperti utilitas command-line, dapat dikompilasi silang untuk bekerja di android karena mereka tidak memiliki persyaratan kompleks sebanyak aplikasi kompleks besar seperti Eclipse. Android cukup berbeda sehingga tidak ada (belum) cara langsung untuk mengkompilasi aplikasi GUI linux standar untuk bekerja di dalamnya.