Jawaban:
Ini karena penanganan multi-display baru di Mavericks di mana Dock dapat dibuat untuk ditampilkan di kedua layar. Ini sebenarnya bukan 'sembunyi otomatis' maka mengapa sembunyi otomatis masih dinonaktifkan.
Untuk kembali ke metode multi-display lama, buka System Preferences → Control Mission dan hapus centang Menampilkan memiliki Spaces terpisah.