Beberapa masalah di bidang biologi komputasi tampaknya cocok untuk aplikasi praktis yang tidak artifisial - atau setidaknya tidak artifisial seperti masalah yang disebutkan oleh Jukka Suomela.
Misalnya, orang sering menyebut karya oleh F. Abu-Khzam, R. Collins, M. Fellows, M. Langston, W. Suters C. Symons, Algoritma Kernelisasi untuk Vertex Cover Problem: Teori dan Eksperimen , Prosiding ke-6 Workshop Teknik Algoritma dan Eksperimen (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Matematika Terapan 115, 2004.
Seperti yang dinyatakan oleh penulis, "Salah satu aplikasi yang telah kami terapkan metode kami melibatkan menemukan pohon filogenetik berdasarkan informasi domain protein, ..." (bagian 8 dari makalah di atas).
Sekelompok penulis memiliki makalah yang serupa tentang topik ini, lihat, misalnya, Faisal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag dan Christopher T. Symons, Algoritma Paralel yang Dapat Ditingkatkan untuk Masalah FPT , Algorithmica, Volume 45, Nomor 3 , 269-284.
Saya tidak yakin apakah contoh yang digunakan dalam eksperimen itu adalah dunia nyata atau buatan, tapi saya harap dua referensi memberi Anda titik awal yang baik.