Itu benar-benar tergantung pada apa yang Anda lakukan. Secara umum kecepatan di mana Anda dapat membuka file untuk membaca akan lebih baik daripada kecepatan di mana Anda dapat membuat koneksi jaringan. Jadi untuk operasi yang sangat sederhana, sistem file pasti lebih cepat. Filesystem mungkin akan mengalahkan RDBMS untuk throughput read mentah juga karena ada lebih sedikit overhead. Bahkan, jika Anda memikirkannya, basis data tidak akan pernah bisa lebih cepat daripada sistem berkas yang digunakannya dalam hal throughput mentah.
Untuk operasi yang sangat kompleks, sistem file cenderung sangat lambat. Sebagai contoh:
Baca 10 baris dari 1 miliar file baris ini dan kemudian cari baris yang cocok di file lain ini. Saya kasihan jika Anda harus melakukan ini. Server database yang baik namun memiliki strategi untuk melakukan ini dengan cepat dan baik sehingga Anda tidak menciptakan kembali roda.
Selain itu Anda benar-benar perlu mencari tahu apa yang Anda lakukan. Data apa yang Anda simpan? Bagaimana Anda akan mengubahnya? Jika 100k file gambar, solusi Anda akan terlihat sangat berbeda daripada jika itu adalah direktori untuk 100k orang. (LDAP mungkin? Atau database SQL? Tergantung pada apa yang Anda lakukan, mungkin.) Kuncinya di sini adalah untuk memilih alat yang cocok dengan apa yang Anda lakukan dan yang memberi Anda ruang untuk menambahkan lebih banyak kegunaan, daripada apa pun yang tampaknya tercepat untuk beberapa use case agak abstrak. Database adalah alat yang luar biasa, tetapi Anda tidak bisa mendapatkan jawaban yang bagus untuk pertanyaan seperti ini.
Akhirnya optimasi prematur adalah akar dari semua kejahatan. Pilih alat yang berguna sekarang dan cari sisanya nanti.