JAR hanyalah file ZIP, yang berisi berbagai file kelas dan metadata lain yang digunakan - ini adalah format yang sepenuhnya standar.
File ZIP dapat diekstraksi, dan file kelas dapat diedit seperlunya untuk modifikasi. File yang dimodifikasi kemudian ditambahkan kembali ke dalam arsip, yang membuat server menggunakan file yang dimodifikasi dan bukan yang asli.
Secara teknis, mod Minecraft benar-benar versi "diretas" dari kode asli: file kelas biner yang sebenarnya harus dimodifikasi untuk membuat game tahu tentang hal-hal baru; belum ada dukungan mod resmi (walaupun Notch telah menyatakan bahwa mereka akan mengerjakannya selama Beta).
Tentu saja, itu bukan cara yang sangat baik untuk melakukan sesuatu jika Anda secara aktif merancang mod. Sebagai gantinya, Anda akan merancang semacam arsitektur plugin yang memungkinkan kode khusus dijalankan jika perlu. Bagaimana Anda akan melakukannya tergantung pada apa yang Anda inginkan agar mod Anda dapat lakukan - misalnya, jika keamanan menjadi perhatian, Anda mungkin ingin merancang antarmuka mod untuk menggunakan semacam skrip, sehingga Anda dapat membatasi mod dari melakukan segala macam hal ke komputer pengguna.