Baca tabel dari file ESRI geodatabase (.gdb) menggunakan R

Saya mencoba membaca tabel langsung dari file ESRI geodatabase ke dalam R. Contoh file data dapat diunduh di sini . Basis data berisi kelas fitur titik (Zone9_2014_01_Broadcast) dan dua tabel tertaut (Zone9_2014_01_Vessel dan Zone9_2014_01_Voyage). Anda dapat membaca shapefile di R menggunakan readOGRdari rgeospaket:

library(rgeos)
library(downloader)

download("https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip", dest="Zone9_2014_01.zip", mode="wb")
unzip("Zone9_2014_01.zip", exdir = ".")

#  Not Run (loads large point file)
#  broadcast <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Broadcast")

Dua tabel tertaut juga menunjukkan kapan Anda menggunakan ogrListLayersatau ogrInfo. Namun, ogrInfoberi peringatan:

Pesan peringatan: Di ogrInfo ("Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel"): ogrInfo: semua fitur NULL

Dan jika Anda mencoba menggunakan readOGRtabel Anda mendapatkan kesalahan:

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Kesalahan pada readOGR (dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel"): tidak ada fitur yang ditemukan Selain itu: Pesan peringatan: Di ogrInfo (dsn = dsn, layer = layer, pengkodean = penyandian, use_iconv = use_iconv,: ogrInfo:: semua fitur NULL

Dengan demikian, tampaknya hanya fitur geografis yang dapat dibaca oleh readOGR. Apakah ada cara untuk mengimpor tabel secara langsung ke R atau merupakan satu-satunya solusi untuk mengekspornya dari ArcGIS sebagai file * .dbf (atau * .txt) seperti dalam jawaban ini ?

Sebagai tambahan, jika ada yang dapat memberikan panggilan dari R ke skrip python yang mengotomatiskan ekspor file * csv (lebih disukai) atau * .dbf, itu akan menjadi solusi yang dapat diterima. Solusinya hanya perlu scalable dan otomatis.

Saya sedikit terlambat ke pesta, tetapi ini sekarang dapat dibaca sf, dengan

vessel <- sf::st_read(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Ini mengembalikan peringatan (tidak ada fitur geometri hadir) tetapi juga data.frame dengan tabel. Lihat utas yang dimulai di sini: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2018-February/026344.html

Saya menggunakan GDAL 2.0.2 yang "dikirim" dengan dukungan FDGB dan tanpa pihak ketiga driver FGDB untuk menyelidiki hal-hal itu. Lingkungan pengujian adalah Debian Jessie 64-bit.

Singkatnya, tampaknya, bahwa "lapisan" Zone9_2014_01_Vesselberisi data atribut murni dan lapisan itu Zone9_2014_01_Broadcastberisi data posisi. Anda dapat menggunakan solusi dalam R melalui panggilan sistem dan percakapan GDB ke wadah shapefile (skrip terakhir di akhir jawaban).

Berikut langkah-langkah investigasinya:

$ mkdir ~/dev.d/gis-se.d/gdb 
$ cd ~/dev.d/gis-se.d/gdb
$ wget https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip
$ unzip Zone9_2014_01.zip
$ ogrinfo Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel | head -20
Had to open data source read-only.
INFO: Open of `Zone9_2014_01.gdb'
      using driver `OpenFileGDB' successful.

Layer name: Zone9_2014_01_Vessel
Geometry: None <---------------------------- HERE 
Feature Count: 1282
Layer SRS WKT:
(unknown)
FID Column = OID
MMSI: Integer (0.0)
IMO: Integer (0.0)
CallSign: String (255.0)
Name: String (255.0)
VesselType: Integer (0.0)
Length: Integer (0.0)
Width: Integer (0.0)
DimensionComponents: String (255.0)
OGRFeature(Zone9_2014_01_Vessel):1
  MMSI (Integer) = 367603345

Ketika Anda melihat bidang Geometrydiatur ke None. Anda dapat mengonversi data ke file bentuk menggunakan ogr2ogrdan juga mendapatkan hanya file atribut dbase:

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel
$ ls test

Zone9_2014_01_Vessel.dbf

Geometri (posisi) dapat ditemukan di lapisan Zone9_2014_01_Broadcast.

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb
$ ls test

Zone9_2014_01_Broadcast.dbf  
Zone9_2014_01_Broadcast.shp  
Zone9_2014_01_Broadcast.prj  
Zone9_2014_01_Broadcast.shx  
Zone9_2014_01_Vessel.dbf
Zone9_2014_01_Voyage.dbf

Kapal dan Voyage tidak mengandung data posisi sesuai dengan protokol pesan AIS .

Di sini solusi lengkap dalam R menggunakan panggilan sistem untuk GDB untuk membentuk percakapan dan paket foreignuntuk membaca dbf:

# Load module to get readOGR
require('rgdal');

# Load module to get read.dbf
require('foreign');

# goto the directory with the GDB stuff
setwd('~/dev.d/gis-se.d/gdb')

# Conversation to a shapefile container 
system("ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb") 

# read the vessels
vessel <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Vessel.dbf');

# read hte voyage data
voyage <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Voyage.dbf');

# read the geometries in broad cast
broadcast <- readOGR('test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp','Zone9_2014_01_Broadcast')

OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: "test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp", layer: "Zone9_2014_01_Broadcast"
with 1639274 features
It has 10 fields

# is vessel OK?    
head(vessel)

MMSI IMO CallSign Name VesselType Length Width   DimensionC
1 367603345  NA     <NA> <NA>         50     20     6     7,13,3,3
2 563000574  NA     <NA> <NA>         70    276    40 188,88,20,20
3 367449580  NA     <NA> <NA>         31     28    10     9,19,5,5
4 367302503  NA     <NA> <NA>         31     20     8     8,12,4,4
5 304003909  NA     <NA> <NA>         71    222    32 174,48,21,11
6 210080027  NA     <NA> <NA>         71    294    32 222,72,22,10

# is voyage OK?
head(voyage)

VoyageID           Destinatio Cargo Draught        ETA  StartTime    EndTime      MMSI
1       12                 KAKE    50      20       <NA> 2014-01-01       <NA> 367603345
2       23             YOKOHAMA    70     125 2014-01-11 2014-01-01 2014-01-30 563000574
3       38         KETCHIKAN AK    31      40 2014-11-12 2014-01-01       <NA> 367449580
4       52 CLARENCE STRAIT LOGS    31      30 2014-09-12 2014-01-01       <NA> 367302503
5       62               JP TYO    71      90 2014-01-13 2014-01-01 2014-01-31 304003909
6       47           VOSTOCHNYY    71     106 2014-01-13 2014-01-01       <NA> 210080027

Tidak yakin apakah Anda dapat melakukan ini dengan readOGR tetapi cobalah

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel", dropNULLGeometries = FALSE)

Jika itu tidak berhasil coba ogr2ogrsecara langsung, yang dapat mengekspor non-geometri ke tabel. (Mungkin coba paket R gdalUtilsuntuk menjalankannya, setelah proses Anda selesai.)

Ada integrasi yang baru-baru ini dirilis antara R dan ArcGIS dari Esri, yang disebut R ArcGIS Tools . Ini memberikan integrasi antara R dan ArcGIS yang memungkinkan untuk mengakses alat R dan sumber daya ArcGIS secara bergantian. Anda harus dapat mengakses kelas / tabel fitur geodatabase dengan integrasi ini.

Alat sampel R tersedia di sini dan alat sampel yang menggambarkan penggunaan R dalam skrip geoproses ada di sini .

Fungsi kustom ini pada dasarnya mengikuti jalur yang diuraikan oleh @huckfinn tetapi menggunakan gdalUtilspustaka yang disarankan oleh @mdsumner.

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T) {
   conversionDir <- tempdir()

   gdalUtils::ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, 
                      dst_datasource_name = conversionDir, 
                      f = "ESRI Shapefile", layer = layerName, 
                      verbose = T, overwrite = overwrite)

   df <- foreign::read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".dbf")))

   return(df)
}

Jalankan seperti ini:

vsl <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Vessel")
vyg <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Voyage")

Jika Anda belum gdalmenginstal, Anda harus menginstalnya untuk memberikan akses gdalUtils. Anda dapat menemukan binari dan instruksi untuk pemasangan 'gdal' di sini .