Ada berbagai metode tergantung pada apa yang ingin Anda capai, berapa banyak data yang Anda miliki, dan seberapa cantik Anda menginginkannya. Ide Anda adalah ide yang bagus dan mungkin akan bekerja dengan baik. Tentu saja jawaban lain yang jelas adalah untuk menunjukkan semua hubungan sepanjang waktu tetapi itu akan menambah banyak kekacauan visual. Mungkin kompromi yang bagus adalah untuk selalu menunjukkan semua hubungan tetapi dalam warna semi-transparan sehingga mereka hampir tidak terlihat. Kemudian ketika pengguna mengklik atau memilah-milah titik data, tautan dari titik itu akan menjadi buram.
Satu hal yang dapat Anda lakukan untuk membuat peta sedikit lebih menyenangkan secara visual dan intuitif adalah dengan menggunakan garis lengkung alih-alih garis lurus untuk terhubung ke titik data. Ini berfungsi dalam dua dimensi atau tiga dimensi . Anda juga dapat melakukan hal-hal menarik dengan bermain dengan warna dan tingkat transparansi garis .
Salah satu solusi yang sangat bagus dan elegan adalah Flow Map . Visualisasi ini juga akan lebih menarik jika Anda menambahkan interaktivitas karena dapat mengarahkan mouse atau mengklik titik data dan melihat titik data penghubung.
Saya akan membiarkan orang lain berbicara dengan ArcGIS dan QGIS, tetapi saya akan merekomendasikan mencoba protovis . Ini adalah bahasa khusus domain untuk visualisasi yang dibangun di atas javascript sehingga harus membuat beberapa visualisasi ini relatif mudah. Halaman Flow Map menyertakan kode dalam Java, yang dapat Anda terjemahkan ke bahasa / platform lain. Mungkin tidak akan terlalu sulit untuk menerjemahkan kode Flow Map ke Protovis meskipun saya belum mencoba.