Jawaban:
Atribut multiselect dapat ditetapkan sebagai daftar yang dipisahkan koma (atau juga array) yang berisi id nilai atribut.
Jadi pertama-tama kita harus mengonversi nilai aktual ke id internal Magento.
$attrCode = 'color_base';
$sourceModel = Mage::getModel('catalog/product')->getResource()
->getAttribute($attrCode)->getSource();
$valuesText = explode(',', 'red,green,blue');
$valuesIds = array_map(array($sourceModel, 'getOptionId'), $valuesText);
$product->setData($attrCode, $valuesIds);
$product->save();
Ubah baris terakhir dari kode di atas
$product->save();
dengan
$product->getResource()->saveAttribute($product, $attrCode);
Berhasil