Lihat tautan ini dari Adobe yang menjelaskan cara menyelaraskan lapisan secara otomatis.
Pada akhirnya mereka mengatakan
"Setelah penyelarasan otomatis, Anda dapat menggunakan Edit> Free Transform untuk menyempurnakan penyelarasan"
Jika Anda benar-benar harus menyelaraskan gambar secara manual di sini adalah cara yang efektif untuk melakukannya.
Dengan asumsi gambar Anda dimuat sebagai layer, sembunyikan semua layer kecuali dua. Satu lapisan harus memiliki mode normal. Atur layer lain ke mode perbedaan. Sekarang jika gambar benar-benar sejajar, Anda akan melihat gambar hitam murni. Jika tidak disejajarkan dengan benar, Anda akan melihat perbedaan antara gambar. Gunakan tombol kursor untuk menggeser gambar atas hingga Anda memiliki warna hitam murni atau hingga Anda telah meminimalkan gambar perbedaan yang terlihat.
Ulangi seperlunya sampai semua gambar sejajar.