Bagaimana cara menyusun daftar variabel plot menggunakan grid.arrange?

92

library(ggplot2)
df <- data.frame(x=1:10, y=rnorm(10))
p1 <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
plist <- list(p1,p1,p1,p1,p1)
# In my real example,a plot function will fit a ggplot to a list of datasets 
#and return a list of ggplots like the example above.

Saya ingin mengatur plot menggunakan grid.arrange()in gridExtra.

Bagaimana saya melakukan ini jika jumlah plot dalam plistvariabel?

Ini bekerja: grid.arrange(plist[[1]],plist[[2]],plist[[3]],plist[[4]],plist[[5]])

tetapi saya membutuhkan solusi yang lebih umum. pikiran?

r ggplot2

— Maiasaura
sumber

139

Bagaimana dengan ini:

library(gridExtra)
n <- length(plist)
nCol <- floor(sqrt(n))
do.call("grid.arrange", c(plist, ncol=nCol))

masukkan deskripsi gambar di sini

— Josh O'Brien
sumber

Ini bagus, kecuali fungsinya tidak dapat menangani objek NULL.

— Roman Luštrik

Josh. Aku cinta kamu. Telah menghabiskan 2 jam untuk ini sampai sekarang. Maukah Anda menjelaskan mengapa ini tidak berhasil: grid.arrange(plist[[1:length(plist)]], ncol = nCol))Saya mendapatkan kesalahan seperti ini: Error in hl.plots[[1:12]] : no such index at level 3Terima kasih!

— Anto

2

@Anto Tampaknya ada beberapa hal yang salah dengan kode itu, tapi yang memberikan Anda kesalahan ditampilkan mungkin disebabkan oleh jenis yang sama kesalahan seperti yang ditunjukkan di sini: x <- list(1,2); x[[3:1]]. Lebih luas lagi, gunakan sesuatu seperti plist[...]daripada plist[[...]]melakukan subset Anda. Dan kemudian gunakan do.call(), yang harus kita gunakan karena grid.arrange()tidak diatur untuk mengambil daftar sebagai argumen pertamanya. Cheers, dan semoga sukses!

— Josh O'Brien

31

Anda bisa menggunakan grid.arrange()dan arrangeGrob()dengan daftar selama Anda menentukan daftar menggunakan grobs =argumen di setiap fungsi. Misalnya dalam contoh yang Anda berikan:

library(ggplot2)
library(gridExtra)
df <- data.frame(x=1:10, y=rnorm(10))
p1 <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
plist <- list(p1,p1,p1,p1,p1)

grid.arrange(grobs = plist, ncol = 2) ## display plot
ggsave(file = OutFileName, arrangeGrob(grobs = plist, ncol = 2))  ## save plot

— Michael Ohlrogge
sumber

1

Butuh waktu terlalu lama untuk menemukan jawaban ini ... terima kasih! Ini yang paling sederhana.

— Matt L.

16

Demi kelengkapan (dan karena pertanyaan lama yang sudah dijawab ini dihidupkan kembali, baru-baru ini ) saya ingin menambahkan solusi menggunakan cowplotpaket:

cowplot::plot_grid(plotlist = plist, ncol = 2)

— Uwe
sumber

ada ide mengapa melewatkan daftar plot menggunakan kode ini mengembalikan kesalahan ini: Error in ggplot_to_gtable(x) : Argument needs to be of class "ggplot" or "gtable"

— geog_newbie

Bagaimana plot dibuat? Menggunakan ggplot2paket atau grafik dasar?

— Uwe

ggplot2. grid.arrangehampir berhasil untuk saya - tetapi, ternyata daftar plot saya tidak terisi. Saya memposting masalah sebagai pertanyaan: stackoverflow.com/questions/43216262/… . Jadi, saya bertanya-tanya apakah itu bisa menjadi masalah untuk cowplot juga

— geog_newbie

10

Saya tahu pertanyaannya secara khusus menyatakan menggunakan paket gridExtra , tetapi wrap_plotsfungsi dari paket tambal sulam adalah cara terbaik untuk menangani daftar panjang variabel:

library(ggplot2)
# devtools::install_github("thomasp85/patchwork")
library(patchwork)

df <- data.frame(x=1:10, y=rnorm(10))
p1 <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
plist <- list(p1,p1,p1,p1,p1)

wrap_plots(plist)

Hal yang berguna tentang itu adalah Anda tidak perlu menentukan berapa banyak kolom yang diperlukan, dan akan bertujuan untuk menjaga jumlah kolom dan baris tetap sama. Sebagai contoh:

plist <- list(p1,p1,p1,p1,p1,p1,p1,p1,p1,p1,p1,p1,p1)
wrap_plots(plist) # produces a 4 col x 4 row plot

Cari tahu lebih lanjut tentang paket tambal sulam di sini

— Michael Harper
sumber

Sepertinya saya tidak dapat menginstal paket yang Anda sebutkan di sini

— baxx

Sudahkah Anda mencoba menjalankan jalur instalasi yang dikomentari di atas devtools::install_github("thomasp85/patchwork")?

— Michael Harper

Terima kasih, saya tidak. Saya baru saja mencoba menggunakan penginstalan dari RStudio.

— baxx

1

Paket ini belum tersedia di CRAN, jadi Anda harus menginstalnya melalui GitHub. Mudah-mudahan ini tidak akan terjadi lebih lama lagi karena ini adalah paket yang luar biasa!

— Michael Harper

1

Untuk menyesuaikan semua plot dalam satu halaman, Anda dapat menghitung jumlah kolom dan baris seperti ini:

x = length(plots)

cols = round(sqrt(x),0)
rows = ceiling(x/cols)

Karena sebagian besar fungsi plotting memiliki ncol dan nrow sebagai argumen, Anda dapat meletakkannya di sana. Saya suka ggarrange dari ggpubr.

ggarrange(plotlist = plots, ncol=cols, nrow = rows)

Ini mendukung lebih banyak baris daripada kolom, jadi sebaliknya jika Anda menginginkan yang sebaliknya. Yaitu untuk 6 plot maka akan memberikan 3 baris dan 2 kolom bukan sebaliknya.

— Adam Waring
sumber