Jawabannya di sini sebenarnya tidak sepenuhnya benar. Dekat, tapi ada casing tepi.
Perbedaannya adalah bahwa $ ('body') sebenarnya memilih elemen dengan nama tag, sedangkan document.body mereferensikan objek langsung pada dokumen.
Itu berarti jika Anda (atau skrip jahat) menimpa elemen document.body (malu!) $ ('Body') akan tetap berfungsi, tetapi $ (document.body) tidak akan. Jadi menurut definisi mereka tidak setara.
Saya berani menebak ada kasus tepi lain (seperti elemen id'ed global di IE) yang juga akan memicu jumlah elemen tubuh yang ditimpa pada objek dokumen, dan situasi yang sama akan berlaku.