Cython: "kesalahan fatal: numpy / arrayobject.h: Tidak ada file atau direktori seperti itu"

Saya mencoba mempercepat jawabannya di sini menggunakan Cython. Saya mencoba mengkompilasi kode (setelah melakukan cygwinccompiler.pyperetasan dijelaskan di sini ), tetapi mendapatkan fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminatedkesalahan. Adakah yang bisa memberi tahu saya jika ada masalah dengan kode saya, atau beberapa kehalusan esoterik dengan Cython?

Di bawah ini adalah kode saya.

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

Di Anda setup.py, Extensionharus memiliki argumen include_dirs=[numpy.get_include()].

Juga, Anda kehilangan np.import_array()kode Anda.

-

Contoh setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

Untuk proyek satu-file seperti milik Anda, alternatif lain adalah menggunakan pyximport. Anda tidak perlu membuat setup.py... Anda bahkan tidak perlu membuka baris perintah jika Anda menggunakan IPython ... semuanya sangat nyaman. Dalam kasus Anda, coba jalankan perintah ini dalam IPython atau dalam skrip Python normal:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

Anda mungkin perlu mengedit kompiler tentu saja. Ini membuat impor dan memuat ulang berfungsi sama untuk .pyxfile seperti mereka bekerja untuk .pyfile.

Sumber: http://wiki.cython.org/InstalingOnWindows

Kesalahan berarti bahwa file header numpy tidak ditemukan selama kompilasi.

Coba lakukan export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/, dan kemudian kompilasi. Ini adalah masalah dengan beberapa paket berbeda. Ada bug yang diajukan di ArchLinux untuk masalah yang sama: https://bugs.archlinux.org/task/22326

Jawaban sederhana

Cara yang lebih sederhana adalah menambahkan path ke file Anda distutils.cfg. Itu nama path Windows 7 secara default C:\Python27\Lib\distutils\. Anda hanya menegaskan konten berikut dan itu akan berhasil:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

Seluruh file konfigurasi

Untuk memberi Anda contoh bagaimana tampilan file konfigurasi, seluruh file saya berbunyi:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

Seharusnya bisa melakukannya dalam cythonize()fungsi seperti yang disebutkan di sini , tetapi tidak berfungsi karena ada masalah yang diketahui

Jika Anda terlalu malas untuk menulis file setup dan mencari jalan untuk menyertakan direktori, coba cyper . Itu dapat mengkompilasi kode Cython Anda dan ditetapkan include_dirsuntuk Numpy secara otomatis.

Muat kode Anda ke dalam string, kemudian jalankan cymodule = cyper.inline(code_string), maka fungsi Anda tersedia secara cymodule.sparsemakerinstan. Sesuatu seperti ini

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

Anda dapat menginstal cyper via pip install cyper.