Secara terprogram membuat tabel Markdown di R dengan KnitR

Saya baru mulai belajar tentang KnitR dan penggunaan penurunan harga dalam menghasilkan dokumen dan laporan R. Tampaknya ini sempurna untuk banyak laporan harian yang harus saya lakukan dengan pekerjaan saya. Namun, satu hal yang tidak saya lihat adalah cara mudah untuk mencetak bingkai data dan tabel menggunakan pemformatan penurunan harga (semacamnya xtable, tetapi dengan penurunan harga alih-alih LaTeX atau HTML). Saya tahu bahwa saya bisa menyematkan output HTML dari xtable, tetapi saya bertanya-tanya apakah ada solusi berbasis penurunan harga?

Sekarang knitr(sejak versi 1.3) paket menyertakan kablefungsi untuk tabel pembuatan:

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

DIPERBARUI : jika Anda mendapatkan penurunan harga mentah dalam dokumen, coba results = "asis"opsi potongan pengaturan .

Dua paket yang akan melakukan ini adalah calo

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

Atau ascii

pander adalah pendekatan yang sedikit berbeda untuk konstruksi laporan, (tetapi dapat berguna untuk fitur ini).

asciiakan memungkinkan Anda untuk printdengan type = 'pandoc(atau berbagai rasa penurunan harga lainnya)

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

Perhatikan bahwa dalam kedua kasus ini, ini diarahkan ke penggunaan pandocuntuk mengkonversi dari penurunan harga ke jenis dokumen yang Anda inginkan, namun menggunakan style='rmarkdown'akan membuat tabel yang kompatibel dengan markdownpaket ini dan konversi bawaan rstudio.

Hanya ingin memperbarui ini dengan apa yang saya putuskan untuk lakukan. Saya menggunakan hwriterpaket sekarang untuk mencetak tabel, dan menggunakan row.*dan col.*fitur untuk menempatkan kelas CSS ke elemen yang berbeda. Kemudian, saya menulis CSS khusus untuk membuat tampilan saya seperti yang saya inginkan. Jadi, inilah contoh jika ada orang lain yang berurusan dengan hal serupa.

Pertama buat file yang akan di lakukan knittingdan ubah Markdown menjadi HTML:

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

Selanjutnya, buat file Markdown yang sebenarnya:

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

Terakhir, buat saja file CSS khusus.

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

Pelaksana ./file_knit.rmemberi saya file.html, yang terlihat seperti ini:

Jadi, semoga ini dapat membantu orang lain yang menginginkan lebih banyak pemformatan dalam output Markdown!

Ada beberapa fungsi di dalam panderpaket:

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

Tidak terlalu sulit untuk membuat fungsi kustom Anda sendiri. Berikut ini adalah bukti konsep yang sangat sederhana untuk menghasilkan tabel rmarkdown dari a data.frame:

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

Dalam dokumen .Rmd Anda kemudian akan menggunakan fungsi dengan results = 'asis':

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

Kode di atas akan memberi Anda gambar berikut (dalam contoh ini adalah keluaran pdf, tetapi karena tabelnya di markdwon, Anda juga bisa merajut menjadi html atau word juga).

Dari sini - dan membaca kode orang lain - Anda dapat mengetahui cara memanipulasi teks untuk menghasilkan tabel yang Anda inginkan dan membuat fungsi yang lebih personal.

gunakan kombinasi knitr :: kable dan xtable dalam dokumen penurunan harga Anda.

library("knitr","xtable")

untuk data.frame sederhana -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" memungkinkan lebih banyak opsi seperti teks.

Sekarang kombinasi untuk ringkasan model .

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

untuk lebih banyak pilihan, lihat stargazerpaket daripada xtable.

contoh untuk penggunaan pribadi

Untuk menulis / membuat tabel Markdown di R, Anda juga dapat menggunakan MarkdownReports ' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() atau MarkDown_Table_writer_NamedVector()fungsi. Anda hanya meneruskan bingkai data / matriks dengan nama dimensi, atau vektor dengan nama, dan itu mengurai & menulis tabel dalam format penurunan harga.

Fungsi saya untuk Gitlab:

to_markdown<-function(df) {
    wrap<-function(x,sep=" ") paste0("|", sep, paste(x, collapse=paste0(sep,"|",sep)), sep, "|", sep=sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)),sep=""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse="\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[,1:3])))

| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |