Tentukan jalur skrip pelaksana

Saya memiliki skrip bernama foo.Ryang menyertakan skrip lain other.R, yang ada di direktori yang sama:

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

Tetapi saya ingin Rmenemukan bahwa other.Rapa pun direktori kerja saat ini.

Dengan kata lain, foo.Rperlu tahu jalannya sendiri. Bagaimana saya bisa melakukan itu?

Di sini ada solusi sederhana untuk masalah tersebut. Perintah ini:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

mengembalikan jalur file skrip saat ini. Ini berfungsi setelah skrip disimpan.

Anda dapat menggunakan commandArgsfungsi ini untuk mendapatkan semua opsi yang diteruskan oleh Rscript ke penerjemah R aktual dan mencarinya --file=. Jika skrip Anda diluncurkan dari jalur atau jika diluncurkan dengan jalur lengkap, di script.namebawah ini akan dimulai dengan a '/'. Kalau tidak, itu harus relatif terhadapcwd dan Anda dapat menggabungkan kedua jalur untuk mendapatkan path lengkap.

Sunting: sepertinya Anda hanya membutuhkan yang di script.nameatas dan melepaskan komponen akhir dari path. Saya telah menghapus cwd()sampel yang tidak dibutuhkan dan membersihkan skrip utama dan memposting other.R. Simpan saja skrip dan other.Rskrip ini ke direktori yang sama chmod +x, dan jalankan skrip utama.

main.R :

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

lainnya.R :

print("hello")

keluaran :

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

Inilah yang saya percaya yang dicari oleh dehmann.

Saya tidak bisa mendapatkan solusi Suppressingfire untuk bekerja ketika 'sumber' dari konsol R.
Saya tidak bisa mendapatkan solusi hadley untuk bekerja ketika menggunakan Rscript.

Terbaik dari kedua dunia?

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

Jangan tanya saya bagaimana cara kerjanya, karena saya sudah lupa: /

Ini bekerja untuk saya

library(rstudioapi)    
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path

Jawaban rakensi dari Getting path of R script adalah IMHO yang paling benar dan benar-benar brilian. Namun, ini masih merupakan hack yang menggabungkan fungsi dummy. Saya mengutipnya di sini, agar lebih mudah ditemukan oleh orang lain.

sourceDir <- getSrcDirectory (fungsi (dummy) {dummy})

Ini memberikan direktori file di mana pernyataan itu ditempatkan (di mana fungsi dummy didefinisikan). Kemudian dapat digunakan untuk mengatur direktori kerja dan menggunakan jalur relatif misalnya

setwd(sourceDir)
source("other.R")

atau untuk membuat jalur absolut

 source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))

Semua dalam satu! (--01 / 09/2019 diperbarui untuk berurusan dengan RStudio Konsol)

#' current script file (in full path)
#' @description current script file (in full path)
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection, RStudio Console
#' @export
ez.csf <- function() {
    # http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript via command line
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
        } else {
            if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
            } else {
                # RStudio Run Selection
                # http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993
                pth = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
                if (pth!='') {
                    return(normalizePath(pth))
                } else {
                    # RStudio Console
                    tryCatch({
                            pth = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
                            pth = normalizePath(pth)
                        }, error = function(e) {
                            # normalizePath('') issues warning/error
                            pth = ''
                        }
                    )
                    return(pth)
                }
            }
        }
    }
}

Varian ramping dari jawaban Supressingfire:

source_local <- function(fname){
    argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
    source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}

Ini bekerja untuk saya. Hanya mengeluarkannya dari argumen baris perintah, menghapus teks yang tidak diinginkan, melakukan dirname dan akhirnya mendapatkan path lengkap dari itu:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

Saya telah membungkus dan memperluas jawaban untuk pertanyaan ini menjadi fungsi baru thisfile()di rprojroot . Juga berfungsi untuk merajut knitr.

Saya menyukai solusi steamer25 karena tampaknya yang paling kuat untuk tujuan saya. Namun, ketika debugging di RStudio (di windows), jalan tidak akan ditetapkan dengan benar. Alasannya adalah bahwa jika breakpoint diatur dalam RStudio, sumber file menggunakan perintah "sumber debug" alternatif yang menetapkan jalur skrip sedikit berbeda. Ini adalah versi final yang saat ini saya gunakan untuk akun mana perilaku alternatif ini dalam RStudio saat debugging:

# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

Saya mencoba hampir semua hal dari pertanyaan ini, Mendapatkan jalur skrip R , Dapatkan jalur skrip saat ini , Temukan lokasi file .R saat ini dan perintah R untuk mengatur direktori kerja ke lokasi file sumber di Rstudio , tetapi pada akhirnya menemukan diri saya secara manual menelusuri tabel CRAN dan menemukan

scriptName Perpustakaan

yang menyediakan current_filename()fungsi, yang mengembalikan jalur skrip lengkap yang tepat saat sumber di RStudio dan juga ketika menjalankan melalui R atau RScript yang dapat dieksekusi.

Saya juga memiliki masalah ini, dan tidak ada solusi di atas yang berfungsi untuk saya. Mungkin dengan sourceatau hal-hal seperti itu, tetapi itu tidak cukup jelas.

Saya menemukan ini, bagi saya anggun, solusi:

paste0(gsub("\\", "/", fileSnapshot()$path, fixed=TRUE),"/")

Yang penting dalam hal itu adalah fileSnapshot()memberi Anda banyak informasi tentang file. Ia mengembalikan daftar 8 elemen. Ketika Anda memilih pathsebagai elemen daftar, jalan dikembalikan dengan \\sebagai pemisah, sehingga sisa kode hanya untuk mengubahnya.

Saya harap ini membantu.

Anda dapat membungkus skrip r dalam skrip bash dan mengambil jalur skrip sebagai variabel bash seperti:

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF

Saya suka pendekatan ini:

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

Saya baru saja menyelesaikan ini sendiri. Untuk memastikan portabilitas skrip Anda selalu mulai dengan:

wd <- setwd(".")
setwd(wd)

Ini bekerja karena "." diterjemahkan seperti perintah Unix $ PWD. Menetapkan string ini ke objek karakter memungkinkan Anda untuk kemudian memasukkan objek karakter tersebut ke setwd () dan Presto kode Anda akan selalu berjalan dengan direktori saat ini sebagai direktori kerja, tidak peduli di mana mesin itu berada atau di mana dalam struktur file itu. terletak. (Bonus tambahan: Objek wd dapat digunakan dengan file.path () (mis. File.path (wd, "output_directory") untuk memungkinkan pembuatan direktori output standar terlepas dari jalur file yang mengarah ke direktori yang Anda beri nama. Ini memang mengharuskan Anda untuk membuat direktori baru sebelum merujuknya dengan cara ini tetapi itu juga dapat dibantu dengan objek wd.

Bergantian, kode berikut melakukan hal yang sama persis:

wd <- getwd()
setwd(wd)

atau, jika Anda tidak memerlukan path file dalam suatu objek, Anda cukup:

setwd(".")

Perhatikan bahwa paket getopt menyediakan get_Rscript_filenamefungsi, yang hanya menggunakan solusi yang sama dengan yang disajikan di sini, tetapi sudah ditulis untuk Anda dalam modul R standar, jadi Anda tidak perlu menyalin dan menempelkan fungsi "get path path" ke setiap skrip Anda menulis.

Lihat findSourceTraceback()dari R.utils paket, yang

Menemukan semua objek 'srcfile' yang dihasilkan oleh sumber () di semua bingkai panggilan. Ini memungkinkan untuk mengetahui file mana yang saat ini ditulis oleh sumber ().

Saya memiliki masalah dengan implementasi di atas karena skrip saya dioperasikan dari direktori yang disinkronkan, atau setidaknya itu sebabnya saya pikir solusi di atas tidak bekerja untuk saya. Sejalan dengan jawaban @ ennuikiller, saya membungkus Rscript saya dengan bash. Saya mengatur variabel path menggunakan pwd -P, yang menyelesaikan struktur direktori yang disinkronkan. Kemudian masukkan path ke dalam Rscript.

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

untukR

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

Saya akan menggunakan varian dari pendekatan @ steamer25. Intinya adalah bahwa saya lebih suka mendapatkan skrip bersumber terakhir bahkan ketika sesi saya dimulai melalui Rscript. Cuplikan berikut, ketika disertakan pada file, akan memberikan variabel yang thisScriptberisi jalur normalisasi skrip. Saya mengakui (ab) penggunaan sumber, jadi kadang-kadang saya meminta Rscript dan skrip yang disediakan dalam --fileargumen sumber skrip lain yang sumber lain ... Suatu hari saya akan berinvestasi dalam membuat kode berantakan saya berubah menjadi sebuah paket.

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

99% dari kasus yang mungkin Anda gunakan:

sys.calls()[[1]] [[2]]

Ini tidak akan berfungsi untuk panggilan gila di mana skrip bukan argumen pertama, yaitu source(some args, file="myscript"),. Gunakan @ hadley dalam kasus mewah ini.

Pendekatan Steamer25 bekerja, tetapi hanya jika tidak ada spasi putih di jalur. Pada macOS setidaknya cmdArgs[match]mengembalikan sesuatu seperti /base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/untuk/base/some\ dir\ with\ whitespace/ .

Saya mengatasi ini dengan mengganti "~ + ~" dengan spasi putih sebelum mengembalikannya.

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

Jelas Anda masih dapat memperpanjang blok lain seperti yang dilakukan aprstar.

Jika daripada skrip, foo.Rmengetahui lokasi jalurnya, jika Anda dapat mengubah kode untuk selalu merujuk semua sourcejalur dari yang umum, rootmaka ini mungkin sangat membantu:

• https://github.com/r-lib/rprojroot atau https://rprojroot.r-lib.org/
• https://here.r-lib.org/

Diberikan

• /app/deeply/nested/foo.R
• /app/other.R

Ini akan bekerja

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

Lihat https://rprojroot.r-lib.org/ untuk cara mendefinisikan akar proyek.

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))

Luar biasa tidak ada struktur tipe '$ 0' di R! Anda dapat melakukannya dengan system () panggilan ke skrip bash yang ditulis dalam R:

write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)

Kemudian cukup bagikan nama scriptpath.sh untuk other.R

splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")

Dengan melihat tumpukan panggilan kita bisa mendapatkan filepath dari setiap skrip yang dieksekusi, dua yang paling berguna mungkin akan menjadi skrip yang sedang dieksekusi, atau skrip pertama yang bersumber (entri).

script.dir.executing = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname( Filter(is.character,lapply(rev(sys.frames()),function(x) x$ofile))[[1]] ) ))()

script.dir.entry = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname(sys.frame(1)$ofile) ))()