Jalankan skrip R dari baris perintah

Saya punya file, bernama a.r, memiliki chmod755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Bagaimana saya bisa menjalankan ini melalui command-line?

Jika Anda ingin hasilnya dicetak ke terminal, yang terbaik adalah menggunakan Rscript

Rscript a.R

Perhatikan bahwa ketika menggunakan R CMD BATCH a.Ritu alih-alih mengarahkan output ke standar keluar dan menampilkan pada terminal file baru yang disebut a.Rout akan dibuat.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Satu hal lain yang perlu diperhatikan tentang penggunaan Rscript adalah bahwa ia tidak memuat methodspaket secara default yang dapat menyebabkan kebingungan. Jadi, jika Anda mengandalkan apa pun yang disediakan metode, Anda ingin memuatnya secara eksplisit dalam skrip Anda.

Jika Anda benar-benar ingin menggunakan ./a.Rcara memanggil skrip, Anda dapat menambahkan yang sesuai #!ke bagian atas skrip

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Saya juga akan mencatat bahwa jika Anda menjalankan sistem * unix ada paket littler yang berguna yang menyediakan pemipaan baris perintah mudah ke R. Mungkin perlu menggunakan littler untuk menjalankan aplikasi yang mengkilap melalui skrip? Rincian lebih lanjut dapat ditemukan dalam pertanyaan ini .

Ini tidak menjawab pertanyaan secara langsung. Tetapi seseorang mungkin berakhir di sini karena mereka ingin menjalankan oneliner R dari terminal. Misalnya, jika Anda hanya ingin menginstal beberapa paket yang hilang dan berhenti, oneliner ini bisa sangat nyaman. Saya sering menggunakannya ketika tiba-tiba mengetahui bahwa saya kehilangan beberapa paket, dan saya ingin menginstalnya ke tempat yang saya inginkan.

• Untuk menginstal ke lokasi default:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• Untuk menginstal ke lokasi yang memerlukan roothak istimewa:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Satu lagi cara menjalankan skrip R dari baris perintah adalah:

R < scriptName.R --no-save  

atau dengan --save.

Lihat juga Apa cara terbaik untuk menggunakan skrip R pada baris perintah (terminal)? .

Anda memerlukan ?Rscriptperintah untuk menjalankan skrip R dari terminal.

Lihat http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

Contoh

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Cara menjalankan perintah Rmd dengan knitr dan rmarkdown dengan beberapa perintah, lalu Unggah file HTML ke RPubs

Berikut ini contohnya: memuat dua pustaka dan menjalankan perintah R

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Namun cara lain untuk menggunakan Rscript untuk * sistem Unix adalah Proses Substitusi .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Yang jelas melakukan hal yang sama dengan jawaban yang diterima, tetapi ini memungkinkan Anda untuk memanipulasi dan menjalankan file Anda tanpa menyimpannya kekuatan dari baris perintah, misalnya:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Mirip Rscript -e "Rcode"dengannya juga memungkinkan untuk berjalan tanpa menyimpan ke dalam file. Jadi itu bisa digunakan bersamaan dengan skrip yang menghasilkan R-code, misal:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Hanya untuk dokumentasi, terkadang Anda perlu menjalankan skrip sebagai sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R