Baca file zip sebagai DataFrame pandas


108

Saya mencoba mengekstrak file csv dan menyebarkannya ke panda sehingga saya dapat mengerjakan file tersebut.
Kode yang saya coba sejauh ini adalah:

import requests, zipfile, StringIO
r = requests.get('http://data.octo.dc.gov/feeds/crime_incidents/archive/crime_incidents_2013_CSV.zip')
z = zipfile.ZipFile(StringIO.StringIO(r.content))
crime2013 = pandas.read_csv(z.read('crime_incidents_2013_CSV.csv'))

Setelah baris terakhir, meskipun python bisa mendapatkan file tersebut, saya mendapatkan "tidak ada" di akhir kesalahan.

Dapatkah seseorang memberi tahu saya apa yang saya lakukan dengan tidak benar?

Jawaban:


159

Jika Anda ingin membaca file zip atau tar.gz ke dalam pandas dataframe, read_csvmetode ini menyertakan implementasi khusus ini.

df = pd.read_csv('filename.zip')

Atau bentuk panjangnya:

df = pd.read_csv('filename.zip', compression='zip', header=0, sep=',', quotechar='"')

Deskripsi argumen kompresi dari dokumen :

kompresi : {'infer', 'gzip', 'bz2', 'zip', 'xz', None}, default 'infer' Untuk dekompresi on-the-fly data dalam disk. Jika 'infer' dan filepath_or_buffer mirip dengan jalur, deteksi kompresi dari ekstensi berikut: '.gz', '.bz2', '.zip', atau '.xz' (jika tidak, tanpa dekompresi). Jika menggunakan 'zip', file ZIP hanya boleh berisi satu file data untuk dibaca. Setel ke None untuk tanpa dekompresi.

Baru di versi 0.18.1: dukungan untuk kompresi 'zip' dan 'xz'.


6
Tidak ada dukungan untuk file zip, hanya gzip dan bz2. Ini menjengkelkan, karena zip sangat umum. Saya membayangkan ini karena zip bukan open source?
— TC Proctor

24
zip sekarang didukung di pandas 0.18.1
— nishant

1
Solusi ini berfungsi untuk file gzip tetapi tidak untuk file .tar.gz (Pandas 0.19.2) Tar.gz tidak didukung oleh Pandas! Lihat: github.com/pandas-dev/pandas/issues/…
— tector

Bisakah Anda memberi tahu kami apakah ada alasan khusus untuk menggunakan quotechar?
— Insinyur Bebas Herpes

Jawaban ini menunjukkan .tar.gzfile, tetapi mungkin hanya berfungsi dengan .gzfile.
— William Entriken

41

Saya pikir Anda ingin openZipFile, yang mengembalikan objek seperti file, daripada read:

In [11]: crime2013 = pd.read_csv(z.open('crime_incidents_2013_CSV.csv'))

In [12]: crime2013
Out[12]:
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
Int64Index: 24567 entries, 0 to 24566
Data columns (total 15 columns):
CCN                            24567  non-null values
REPORTDATETIME                 24567  non-null values
SHIFT                          24567  non-null values
OFFENSE                        24567  non-null values
METHOD                         24567  non-null values
LASTMODIFIEDDATE               24567  non-null values
BLOCKSITEADDRESS               24567  non-null values
BLOCKXCOORD                    24567  non-null values
BLOCKYCOORD                    24567  non-null values
WARD                           24563  non-null values
ANC                            24567  non-null values
DISTRICT                       24567  non-null values
PSA                            24567  non-null values
NEIGHBORHOODCLUSTER            24263  non-null values
BUSINESSIMPROVEMENTDISTRICT    3613  non-null values
dtypes: float64(4), int64(1), object(10)

3
Catatan: Anda dapat mengurai kolom tanggal saat membaca:pd.read_csv(z.open('crime_incidents_2013_CSV.csv'), parse_dates=['REPORTDATETIME', 'LASTMODIFIEDDATE'])
— Andy Hayden

Untuk membaca file pertama:pd.read_csv(z.open(z.infolist()[0].filename))
— user3226167

15

Sepertinya Anda bahkan tidak perlu menentukan kompresi lagi. Potongan berikut memuat data dari filename.zip ke df.

import pandas as pd
df = pd.read_csv('filename.zip')

(Tentu saja Anda perlu menentukan pemisah, tajuk, dll. Jika berbeda dari default.)


Ini harus menjadi jawaban teratas, yang lain sudah ketinggalan zaman.
— rjurney

12

Untuk file " zip ", Anda dapat menggunakan import zipfiledan kode Anda akan berfungsi hanya dengan baris berikut:

import zipfile
import pandas as pd
with zipfile.ZipFile("Crime_Incidents_in_2013.zip") as z:
   with z.open("Crime_Incidents_in_2013.csv") as f:
      train = pd.read_csv(f, header=0, delimiter="\t")
      print(train.head())    # print the first 5 rows

Dan hasilnya adalah:

X,Y,CCN,REPORT_DAT,SHIFT,METHOD,OFFENSE,BLOCK,XBLOCK,YBLOCK,WARD,ANC,DISTRICT,PSA,NEIGHBORHOOD_CLUSTER,BLOCK_GROUP,CENSUS_TRACT,VOTING_PRECINCT,XCOORD,YCOORD,LATITUDE,LONGITUDE,BID,START_DATE,END_DATE,OBJECTID
0  -77.054968548763071,38.899775938598317,0925135...                                                                                                                                                               
1  -76.967309569035052,38.872119553647011,1003352...                                                                                                                                                               
2  -76.996184958456539,38.927921847721443,1101010...                                                                                                                                                               
3  -76.943077541353617,38.883686046653935,1104551...                                                                                                                                                               
4  -76.939209158039446,38.892278093281632,1125028...

0

https://www.kaggle.com/jboysen/quick-gz-pandas-tutorial

Silakan ikuti tautan ini.

import pandas as pd
traffic_station_df = pd.read_csv('C:\\Folders\\Jupiter_Feed.txt.gz', compression='gzip',
                                 header=1, sep='\t', quotechar='"')

#traffic_station_df['Address'] = 'address'

#traffic_station_df.append(traffic_station_df)
print(traffic_station_df)

Selamat datang di Stack Overflow! Meskipun kode ini dapat menjawab pertanyaan, memberikan konteks tambahan baik sebagai komentar dengan kode atau sebagai paragraf terpisah mengenai bagaimana dan / atau mengapa kode ini memecahkan masalah akan meningkatkan nilai jawaban jangka panjang.
— Sardar Usama
Dengan menggunakan situs kami, Anda mengakui telah membaca dan memahami Kebijakan Cookie dan Kebijakan Privasi kami.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.