cara menggambar grafik terarah menggunakan networkx dengan python?

Saya memiliki beberapa node yang berasal dari skrip yang ingin saya petakan menjadi grafik. Di bawah ini, saya ingin menggunakan Panah untuk beralih dari A ke D dan mungkin memiliki tepi yang diwarnai juga (merah atau sesuatu).

Ini pada dasarnya, seperti jalur dari A ke D ketika semua node lain ada. Anda dapat membayangkan setiap node sebagai kota dan perjalanan dari A ke D membutuhkan arah (dengan kepala panah).

Kode di bawah ini membangun grafik

import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.Graph()
G.add_edges_from(
    [('A', 'B'), ('A', 'C'), ('D', 'B'), ('E', 'C'), ('E', 'F'),
     ('B', 'H'), ('B', 'G'), ('B', 'F'), ('C', 'G')])

val_map = {'A': 1.0,
           'D': 0.5714285714285714,
           'H': 0.0}

values = [val_map.get(node, 0.25) for node in G.nodes()]

nx.draw(G, cmap = plt.get_cmap('jet'), node_color = values)
plt.show()

tapi saya ingin sesuatu seperti yang ditunjukkan pada gambar.

Kepala panah gambar pertama dan tepi berwarna merah ke gambar kedua.

Contoh yang sepenuhnya disempurnakan dengan panah hanya untuk tepi merah:

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.DiGraph()
G.add_edges_from(
    [('A', 'B'), ('A', 'C'), ('D', 'B'), ('E', 'C'), ('E', 'F'),
     ('B', 'H'), ('B', 'G'), ('B', 'F'), ('C', 'G')])

val_map = {'A': 1.0,
           'D': 0.5714285714285714,
           'H': 0.0}

values = [val_map.get(node, 0.25) for node in G.nodes()]

# Specify the edges you want here
red_edges = [('A', 'C'), ('E', 'C')]
edge_colours = ['black' if not edge in red_edges else 'red'
                for edge in G.edges()]
black_edges = [edge for edge in G.edges() if edge not in red_edges]

# Need to create a layout when doing
# separate calls to draw nodes and edges
pos = nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, cmap=plt.get_cmap('jet'), 
                       node_color = values, node_size = 500)
nx.draw_networkx_labels(G, pos)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=red_edges, edge_color='r', arrows=True)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=black_edges, arrows=False)
plt.show()

Saya hanya memasukkan ini untuk kelengkapan. Saya telah belajar banyak dari marius dan mdml. Berikut adalah bobot tepi. Maaf tentang panahnya. Sepertinya saya bukan satu-satunya yang mengatakan itu tidak bisa membantu. Saya tidak dapat membuat ini dengan notebook ipython. Saya harus langsung dari python yang merupakan masalah dengan mendapatkan bobot tepi saya lebih cepat.

import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import pylab

G = nx.DiGraph()

G.add_edges_from([('A', 'B'),('C','D'),('G','D')], weight=1)
G.add_edges_from([('D','A'),('D','E'),('B','D'),('D','E')], weight=2)
G.add_edges_from([('B','C'),('E','F')], weight=3)
G.add_edges_from([('C','F')], weight=4)


val_map = {'A': 1.0,
                   'D': 0.5714285714285714,
                              'H': 0.0}

values = [val_map.get(node, 0.45) for node in G.nodes()]
edge_labels=dict([((u,v,),d['weight'])
                 for u,v,d in G.edges(data=True)])
red_edges = [('C','D'),('D','A')]
edge_colors = ['black' if not edge in red_edges else 'red' for edge in G.edges()]

pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_edge_labels(G,pos,edge_labels=edge_labels)
nx.draw(G,pos, node_color = values, node_size=1500,edge_color=edge_colors,edge_cmap=plt.cm.Reds)
pylab.show()

Alih-alih nx.draw biasa, Anda mungkin ingin menggunakan:

nx.draw_networkx(G[, pos, arrows, with_labels])

Sebagai contoh:

nx.draw_networkx(G, arrows=True, **options)

Anda dapat menambahkan opsi dengan menginisialisasi variabel ** seperti ini:

options = {
    'node_color': 'blue',
    'node_size': 100,
    'width': 3,
    'arrowstyle': '-|>',
    'arrowsize': 12,
}

Juga beberapa fungsi mendukung directed=True parameter Dalam hal ini status ini adalah yang default:

G = nx.DiGraph(directed=True)

Referensi networkx ditemukan di sini .

Anda perlu menggunakan grafik berarah daripada grafik, mis

G = nx.DiGraph()

Kemudian, buat daftar warna tepi yang ingin Anda gunakan dan teruskan ke nx.draw(seperti yang ditunjukkan oleh @Marius).

Menyatukan ini semua, saya mendapatkan gambar di bawah ini. Masih belum cukup dengan gambar lain yang Anda tunjukkan (saya tidak tahu dari mana bobot tepi Anda berasal), tetapi lebih dekat! Jika Anda ingin lebih mengontrol bagaimana grafik output Anda terlihat (misalnya mendapatkan panah yang terlihat seperti panah), saya akan memeriksa NetworkX dengan Graphviz .

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

g = nx.DiGraph()
g.add_nodes_from([1,2,3,4,5])
g.add_edge(1,2)
g.add_edge(4,2)
g.add_edge(3,5)
g.add_edge(2,3)
g.add_edge(5,4)

nx.draw(g,with_labels=True)
plt.draw()
plt.show()

Ini hanyalah cara sederhana menggambar grafik berarah menggunakan python 3.x menggunakan networkx. hanya representasi sederhana dan dapat dimodifikasi dan diwarnai dll. Lihat grafik yang dihasilkan di sini .

Catatan: Ini hanya representasi sederhana. Tepi Tertimbang dapat ditambahkan seperti

g.add_edges_from([(1,2),(2,5)], weight=2)

dan karenanya diplot lagi.

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.DiGraph()
G.add_node("A")
G.add_node("B")
G.add_node("C")
G.add_node("D")
G.add_node("E")
G.add_node("F")
G.add_node("G")
G.add_edge("A","B")
G.add_edge("B","C")
G.add_edge("C","E")
G.add_edge("C","F")
G.add_edge("D","E")
G.add_edge("F","G")

print(G.nodes())
print(G.edges())

pos = nx.spring_layout(G)

nx.draw_networkx_nodes(G, pos)
nx.draw_networkx_labels(G, pos)
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edge_color='r', arrows = True)

plt.show()