Jika itu GNU diff maka Anda hanya bisa mengarahkannya ke dua direktori dan menggunakan opsi -r.
Kalau tidak, coba gunakan
for i in $(\ls -d ./dir1/*); do diff ${i} dir2; done
NB Seperti yang ditunjukkan oleh Dennis di bagian komentar, Anda sebenarnya tidak perlu melakukan substitusi perintah pada ls. Saya sudah melakukan ini begitu lama sehingga saya cukup banyak melakukan ini dengan autopilot dan mengganti perintah yang saya butuhkan untuk mendapatkan daftar file untuk perbandingan.
Saya juga lupa menambahkan bahwa saya melakukan '\ ls' untuk menonaktifkan sementara alias saya ke GNU ls sehingga saya kehilangan info pemformatan warna dari daftar yang dikembalikan oleh GNU ls.
diff
perintah dengan mengunduh utilitas GNU untuk Win32 .