Berkat free3dom untuk membuat saya berada di jalur yang benar di sini.
Diagnosa
The Sync Project with Gradle Filespilihan di Android Studio tampaknya untuk menjaga Project Structureperpustakaan up to date.

Namun, dalam kasus saya ada beberapa kesalahan:

Memperluas tautan (tidak terlalu jelas) menunjukkan detailnya. Pustaka runtime kawat saya ditampilkan di lokasi yang salah:

Ini sepertinya hangover dari konfigurasi asli saya di mana saya telah mengimpor JAR ke folder libs.
dependencies {
compile fileTree(dir: 'libs', include: '*.jar')
}
Saya kemudian mengubahnya untuk diimpor langsung dari Maven Central ( seperti di sini ), dan sepertinya pengaturan lama tidak pernah ditimpa dengan yang baru.
Cara Mengatasinya
Cara mengatasinya adalah menghapus ketergantungan pustaka dari Project Structurelayar dan kemudian Sync Project with Gradle Fileslagi.
Lebih detail
Anda juga dapat melihat jalur apa yang digunakan untuk sumber daya dengan membuka .idea/libraries/wire_runtime_1_2_0.xmlsecara langsung.
Yang rusak saya adalah:
<component name="libraryTable">
<library name="wire-runtime-1.2.0">
<CLASSES>
<root url="jar://$PROJECT_DIR$/MY_MODULE/libs/wire-runtime-1.2.0.jar!/" />
</CLASSES>
<JAVADOC />
<SOURCES />
Setelah menghapus dan menambahkan kembali perpustakaan itu berubah root urlmenjadi:
<root url="jar://$USER_HOME$/.gradle/caches/artifacts-26/filestore/com.squareup.wire/wire-runtime/1.2.0/jar/44e7acbd5eb6f29698181dc3d67a60acf7efee80/wire-runtime-1.2.0.jar!/" />
Memperbarui
Android Studio v0.4.4 tampaknya memperbaiki bug lain yang memiliki gejala yang sama, jadi jika Anda memiliki versi yang lebih lama, Anda mungkin ingin memutakhirkan.