Untuk menjawab pertanyaan pertama, Anda secara teknis dapat meletakkan file di mana pun Anda inginkan, namun Anda harus mengkodekannya sendiri, karena tempat default file tersebut adalah yang pertama dari dua contoh Anda. ( tautan ke cara melakukannya sendiri )
Adapun pertanyaan kedua, itu tergantung pada bagaimana Anda menyebarkan aplikasi. Jika Anda menerapkan melalui .msi, maka ada dua hash di properti proyek penyiapan (tempat msi dibuat), 'kode pemutakhiran' dan 'kode produk'. Ini menentukan bagaimana msi dapat diinstal, dan jika ia meningkatkan, menimpa, atau menginstal di samping versi lain dari aplikasi yang sama.
Misalnya, jika Anda memiliki dua versi perangkat lunak Anda dan mereka memiliki kode 'peningkatan' yang berbeda, maka untuk windows mereka adalah bagian perangkat lunak yang sama sekali berbeda terlepas dari apa namanya. Namun jika kode 'peningkatan' sama, tetapi kode 'produk' berbeda maka ketika Anda mencoba menginstal msi ke-2 itu akan menanyakan Anda apakah Anda ingin meningkatkan, pada saat mana seharusnya menyalin nilai dari konfigurasi lama ke konfigurasi baru. Jika kedua nilai sama, dan nomor versi tidak berubah maka konfigurasi baru akan berada di lokasi yang sama dengan konfigurasi lama, dan tidak perlu melakukan apa pun. Dokumentasi MSDN
ClickOnce sedikit berbeda, karena lebih berbasis versi ClickOnce # dan jalur URL, namun saya telah menemukan bahwa selama Anda terus 'Publikasikan' ke lokasi yang sama, versi baru aplikasi akan terus menggunakan konfigurasi yang ada. ( tautan ke bagaimana ClickOnce menangani pembaruan )
Saya juga tahu ada cara untuk menggabungkan konfigurasi secara manual selama penginstalan msi menggunakan skrip penginstalan kustom, tetapi saya tidak ingat langkah-langkah yang tepat untuk melakukannya ... (lihat tautan ini untuk mengetahui cara melakukannya dengan web. config)