Anda dapat menggunakan keduanya dengan masalah yang relatif sedikit. Twitter Bootstrap menggunakan jQuery 1.7.1 (saat tulisan ini dibuat), dan saya tidak dapat memikirkan alasan mengapa Anda tidak dapat mengintegrasikan komponen UI Jquery tambahan ke templat HTML Anda.
Saya telah menggunakan kombinasi HTML5 Boilerplate & Twitter Bootstrap yang dibuat di Initializr.com. Ini menggabungkan dua templat starter yang mengagumkan menjadi satu proyek starter yang hebat. Lihat detailnya di http://html5boilerplate.com/ dan http://www.initializr.com/ Atau untuk memulai segera, buka http://www.initializr.com/ , klik "Bootstrap 2" tombol, dan klik "Unduh". Ini akan memberi Anda semua js dan css yang Anda butuhkan untuk memulai.
Dan jangan takut dengan HTML5 dan CSS3. Initializr dan HTML5 Boilerplate termasuk polyfill dan kode khusus IE yang akan memungkinkan semua fitur untuk bekerja di IE 6, 7 8, dan 9.
Penggunaan KURANG dalam Bootstrap Twitter juga opsional. Mereka menggunakan KURANG untuk mengkompilasi semua CSS yang digunakan oleh Bootstrap, tetapi jika Anda hanya ingin mengganti atau menambahkan gaya Anda sendiri, mereka menyediakan file css kosong untuk tujuan itu.
Ada juga file js kosong (script.js) untuk Anda tambahkan kode khusus. Di sinilah Anda akan menambahkan penangan atau penyeleksi Anda untuk komponen jQueryUI tambahan.