Tempat untuk menerbitkan makalah yang menekankan perangkat lunak

Perangkat lunak adalah bagian mendasar dari ilmu komputasi, dan semakin diakui sebagai bagian penting dari catatan ilmiah. Mengingat nilai menggunakan kode yang ada dan teruji, tampaknya ada gunanya untuk mengkomunikasikan keberadaan kode yang berguna seluas mungkin dan menghargai pembuatnya. Dalam lingkungan akademik, ini berarti menerbitkan beberapa makalah yang terutama berfokus pada perangkat lunak.

Di mana seseorang dapat menerbitkan karya ilmiah yang fokus utamanya adalah perangkat lunak komputasi? Agar benar-benar jelas, saya merujuk pada karya-karya yang mungkin tidak termasuk matematika baru, algoritma, dll - mereka benar-benar fokus pada perangkat lunak.

Saya juga tertarik mendengar dari orang-orang yang telah menyerahkan makalah tersebut ke jurnal-jurnal ini, seperti apa pengalaman itu dan tempat apa yang mereka rekomendasikan.

Ringkasan jawaban yang diberikan:

• Transaksi pada Perangkat Lunak Matematika
• Pemrograman Ilmiah
• Bagian SIAM Journal on Scientific Computing (SISC)
• Arsip Perangkat Lunak Numerik
• Komputasi Penelitian Terbuka
• Komunikasi Fisika Komputer
• Kemajuan dalam Rekayasa Perangkat Lunak
• Jurnal Perangkat Lunak Statistik
• Jurnal Teori dan Komputasi Kimia
• Kode Sumber untuk Biologi dan Kedokteran
• Silakan SATU
• Jurnal Internasional Kimia Quantum
• Epidemiologi
• Komputasi dalam Sains & Teknik
• Jurnal Kimia Komputasi
• Pengembangan Model Geoscientific
• Jurnal Penelitian Pembelajaran Mesin
• Komputasi Pemrograman Matematika
• Jurnal Perangkat Lunak Sumber Terbuka
• SoftwareX

Ada beberapa jurnal khusus aplikasi untuk dicantumkan: seperti Jurnal Fisika Komputasi atau Komunikasi Fisika Komputer , yang menerima artikel baik tentang algoritma maupun perangkat lunak yang digunakan untuk mengimplementasikannya. Jika Anda berada di bidang kimia, Jurnal Teori Kimia dan Komputasi mungkin menjadi jurnal lain untuk dipertimbangkan. Semua ini memungkinkan paket untuk diterbitkan - saya telah melihat kode yang saya gunakan dibahas di dalamnya. Komputer dan Teknik Kimia memang memungkinkan kertas implementasi perangkat lunak, tetapi mereka perlu melakukan sesuatu yang orisinal — itu tidak bisa menjadi makalah "kenaikan bertahap".

Kemajuan dalam Rekayasa Perangkat Lunak adalah baik dan aplikasi sangat bervariasi.

The Journal of Software statistik adalah satu sama lain yang berfokus pada perangkat lunak, tetapi aplikasi-spesifik. Banyak R dalam yang ini.

Saya harus menambahkan bahwa saya tidak pernah menerbitkan dalam salah satu dari ini, jadi saya tidak dapat berbicara dengan pengalaman itu, tetapi saya mengikuti mereka dan menemukan artikel yang berkualitas baik.

Saya telah menerbitkan beberapa makalah perangkat lunak. Salah satunya dalam Kode Sumber BMC dalam Biologi dan Kedokteran - Proyek Imunologi Sistem Multiskala: perangkat lunak untuk simulasi imunologi berbasis sel dan PLoS SATU - SNPpy - Manajemen Basis Data untuk SNP Data dari Genome Wide Association Studies .

Ini adalah dua proyek yang sangat berbeda. Yang pertama adalah sistem berbasis agen simulasi yang ditulis untuk memodelkan sistem imunologi, sehingga termasuk dalam biologi komputasi. Yang terakhir adalah sistem berbasis basis data untuk mengelola data SNP dalam konteks GWAS, sehingga termasuk dalam bioinformatika.

Sejauh pengalaman penerbitan - waktu tunggu rendah dibandingkan dengan makalah matematika, yang bagus. Pengulas tidak memberi saya waktu yang sulit, yang juga bagus. Di sisi kontra, menerbitkan makalah perangkat lunak sangat memakan waktu. Anda memiliki kertas plus basis kode untuk berurusan, belum lagi dokumentasi pengguna.

Satu hal yang saya anggap mengganggu adalah bahwa saya melihat sedikit bukti yang sebenarnya dibuat oleh pengulas untuk menjalankan perangkat lunak dan tidak ada bukti bahwa mereka memahami desain kode atau bahkan melihat kode. Kedua jurnal di atas masing-masing memiliki dua laporan peninjau. Dalam kasus mantan (BMC), satu reviewer mengindikasikan dia telah mencoba menginstal / menjalankan perangkat lunak dan gagal (masalah yang kami tujukan), tetapi dari empat ulasan, itu adalah satu-satunya yang secara khusus menyebutkan sesuatu tentang perangkat lunak yang sebenarnya. Sebagian besar komentar lebih umum, tentang masalah ilmiah dan poin-poin yang saya buat di koran. Secara keseluruhan, saya mendapat perasaan sebagian besar pengulas baru saja membaca koran. Dalam dunia yang ideal, pengulas akan memiliki minat dalam desain perangkat lunak dan rincian kode juga, termasuk masalah seperti kinerja, dependensi, portabilitas, ekstensibilitas, dan pengujian. Reviewer untuk SNPpy bertanya tentang portabilitas dan ekstensibilitas. seperti yang saya klaim di koran bahwa perangkat lunaknya portabel dan dapat dikembangkan, tetapi saya tidak berpikir mereka benar-benar melihat kode. Dalam keadilan, mendapatkan ide tentang apa basis kode non-sepele adalah tentang kerja keras, dan mungkin lebih dari yang bisa diharapkan dari resensi yang tidak dibayar.

Saya menggunakan LaTeX untuk kedua makalah ini. Dalam kasus PLoS, ini melibatkan cukup banyak loncatan melalui lingkaran untuk membuat naskah terlihat seperti yang mereka inginkan, karena mereka tidak benar-benar menggunakan LaTeX dan menjalankan beberapa program konversi. PLoS mengacaukan konversi angka saya, yang dilakukan menggunakan TikZ, dan sangat bagus, tetapi Anda tidak akan tahu itu melihat versi mereka. Perlu juga dicatat bahwa PLoS tidak memberikan bukti naskah.

The Journal of Komputasi Kimia (Artikel Khusus Bagian) dan International Journal of Quantum Chemistry laporan pada perangkat lunak dan algoritma.

Dua yang belum saya lihat dalam daftar ini, yang mungkin menarik bagi seseorang selain saya di beberapa titik, adalah American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Jika Anda telah menulis perangkat lunak pintar untuk mencapai sesuatu yang Epidemiologis pedulikan, mereka mungkin akan menerbitkannya. Saya telah melihat paling tidak beberapa artikel pendek tentang Macro SAS untuk menyelesaikan analisis statistik yang agak lebih canggih, sebuah program yang melakukan regresi titik temu, dan program yang melakukan beberapa hal spesifik lapangan dengan grafik asiklik terarah.

Ternyata salah satu publikasi yang disebutkan adalah di Epidemiologi : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Baik jurnal yang saya curigai keluar maupun keluar mengatakan mereka sedang mencari artikel tentang perangkat lunak - apa dengan menjadi jurnal khusus bidang dalam disiplin yang bukan perangkat lunak, tetapi analisis termasuk perangkat lunak tidak biasa, dan tautannya adalah contoh dari artikel yang berfokus sepenuhnya pada produk perangkat lunak.

AJE:

Makalah yang berhubungan dengan aplikasi praktis metode epidemiologis atau statistik (seperti penerapan teknik statistik atau evaluasi strategi wawancara) diterbitkan dalam bagian berjudul Praktik Epidemiologi.

Epidemiologi: Artikel di atas diterbitkan sebagai surat. Mereka juga menerima ulasan perangkat lunak, jika Anda memiliki kolega yang ramah atau seseorang di bidang yang mungkin tertarik.

Saya tahu pasti mereka mendorong suplemen elektronik dengan kode, dan saya sudah memiliki sesuatu yang setidaknya diulas di sana dengan tautan ke gudang Github.

Pengembangan Model Geoscientific adalah jurnal akses terbuka untuk tujuan ini. Seperti jurnal-jurnal Uni Geofisika Eropa lainnya, jurnal ini memiliki proses tinjauan terbuka .

Journal of Machine Learning Research (JMLR) memiliki lagu 'Machine Learning Open Source Software'. Ini cukup selektif (yang menurut saya adalah hal yang baik). Jurnal ini sepenuhnya gratis (untuk penulis dan pembaca) dan dikelola oleh sukarelawan.

Masyarakat Optimalisasi Matematika baru-baru ini meluncurkan Journal

Komputasi Pemrograman Matematika

Dari "Tujuan dan Lingkup" mereka:

Matematika Pemrograman Komputasi (MPC) menerbitkan artikel penelitian asli yang mencakup masalah komputasi dalam optimasi matematika. Artikel melaporkan perangkat lunak inovatif, uji komparatif, lingkungan pemodelan, perpustakaan data, dan / atau aplikasi. Fitur utama jurnal adalah dimasukkannya perangkat lunak dan data yang menyertainya dengan naskah yang dikirimkan.

Mengenai topik, mereka menulis:

Topik yang dibahas dalam MPC meliputi pemrograman linier, optimisasi cembung, optimisasi nonlinier, optimisasi stokastik, optimisasi tangguh, pemrograman integer, optimisasi kombinatorial, optimisasi global, algoritma jaringan, dan bahasa pemodelan.

Komputasi dalam Sains dan Teknik adalah pilihan lain. Ini adalah hibrida dari jurnal ilmiah (dengan artikel fitur wasit) dan majalah (dengan kolom reguler yang tidak direferensikan). Ini menerbitkan artikel yang cenderung menarik bagi pembaca. Artikel tentang perangkat lunak harus mengandung beberapa materi yang menarik, misalnya tentang teknik spesifik yang digunakan, yang bermanfaat bagi khalayak yang lebih luas daripada perangkat lunak itu sendiri.

Saya mungkin harus menambahkan bahwa saya adalah anggota dewan redaksi majalah ini.

Pemrograman Ilmiah adalah pilihan yang memungkinkan untuk fokus pada teknik pemrograman yang digunakan dalam penulisan perangkat lunak ilmiah. (Pengungkapan: Saya di Dewan Penasihat Editorial.)

Ada beberapa jurnal khusus aplikasi

Komputer & Geosains, Komputer & Cairan, Komputer & Struktur,

dll.