SSH jauh lebih toleran terhadap perangkat keamanan jaringan seperti firewall dan hal-hal yang dilakukan NAT. FTP terkenal rumit untuk firewall, dan umumnya membutuhkan satu titik akhir untuk memiliki alamat IP nyata (yaitu tidak ada NAT).
SSH lebih baik dalam menangani NAT. Bahkan, kedua ujungnya bisa berada di belakang NAT yang umumnya tidak mungkin tanpa banyak linggis dengan FTP.
FTP umumnya lebih cepat karena sifat sederhana protokol yang sudah mati, meskipun versi SFTP yang tepat dapat mendekati tingkat kecepatan itu.
Dukungan FTP dibangun ke sebagian besar browser modern, di mana tidak ada yang saya tahu memiliki SSH. Mungkin ada plugin yang mengacaukan ini.
SSH jauh lebih aman, yang memungkinkan otentikasi pengguna. FTP mendukung hal itu tetapi melakukan hal tersebut di atas teks biasa dengan jelas, fakta yang bertentangan dengan kebijakan keamanan paling waras.
Satu-satunya alasan untuk menggunakan FTP adalah untuk berbagi file publik. Hal-hal seperti repositori sumber kernel linux.