Yah - jangan.
Menggunakan pekerjaan orang lain sangat penting dalam perjalanan menuju kesuksesan. Ketika Anda membangun beberapa perangkat lunak dari sumber (tarball), Anda kehilangan kesempatan untuk menggunakan pekerjaan manajer paket distro itu.
Anda tidak akan mendapatkan pembaruan "gratis". Sebagian besar waktu tidak pernah memperbarui paket yang mereka instal dari sumber. Karena mereka perlu melacak perangkat lunak untuk versi baru, membangunnya kembali dan semua program yang tergantung (cobalah untuk mengingatnya).
Anda akan mengalami masalah dengan paket lain dari repo distribusi Anda. Ini persis seperti yang dinyatakan dalam pertanyaan: ubuntu memiliki manajer paket yang hebat dan beberapa orang yang sangat baik menjaga paket. Dan mereka telah memutuskan, bahwa agar program mailx berfungsi, Anda memerlukan MTA. Jadi jika Anda menginstal postfix dari sumber ubuntu tidak akan meminta Anda untuk menginstal exim.
Jika karena alasan tertentu pemeliharaan server beralih ke orang lain (mis. Proyek Anda menjadi sangat sukses dan Anda memutuskan untuk mempekerjakan orang lain untuk mengelola server sementara Anda sibuk dengan hal-hal lain) ia secara alami akan berharap untuk berlari dpkg --get-selections
untuk mendapatkan semua paket yang diinstal.
Cobalah untuk menggunakan perangkat lunak manajemen paket distro sebanyak mungkin. Belajarlah untuk membangun paket Anda sendiri jika Anda tidak dapat menemukan satu prebuilt dan Anda akan menjadi profesional yang lebih baik.