Masalah mendasarnya adalah bahwa pemeriksa sistem file (biasanya) bukan bagian dari sistem file. Sebaliknya itu adalah program terpisah yang membaca dan menulis ke disk yang sama dengan kode sistem file di kernel. Akibatnya, jika Anda menjalankan fsck pada sistem file yang aktif, Anda memiliki dua entitas berbeda yang membaca (dan berpotensi memodifikasi) data yang sama (disk), tetapi mereka tidak saling berkoordinasi dengan cara apa pun. Hasilnya, seperti yang telah ditunjukkan oleh orang lain, adalah bahwa sebagian besar checker berharap bahwa tidak ada orang lain yang mengubah metadata sistem file saat mereka berjalan. Mereka akan bingung dan / atau melaporkan kesalahan palsu jika sistem file kernel mengubah sesuatu yang tidak diharapkan oleh pemeriksa.
Ada beberapa sistem file dengan checker yang secara eksplisit dirancang untuk dijalankan "on-line" (yaitu, ketika sistem file aktif). Versi FFS / UFS yang lebih baru melakukan ini dengan menjalankan fsck terhadap snapshot sistem file terkini (replika read-only, point-in-time, copy-on-write). Jika menemukan masalah, seperti inkonsistensi dalam alokasi bit-peta, itu mengoreksi mereka melalui system call, bukan dengan menulis ke disk mentah. Ini memungkinkannya berkoordinasi dengan sistem file yang aktif.
WAFL NetApp juga memiliki alat pengecekan online. Mungkin ada yang lain.