Seperti yang sering terjadi dalam komputasi jawabannya adalah (a) karena keadaan historis dan kebutuhan untuk mempertahankan kompatibilitas ke belakang dan (b) karena beberapa metode lebih cocok untuk beberapa tugas daripada yang lain.
Pada (a) Anda perlu mengingat bahwa "drive Winchester" - Saya baru saja cukup umur untuk mengingat mereka disebut - (apa yang oleh seluruh dunia disebut 'hard drive') hanya ada sekitar setengah dari waktu komputasi elektronik dan bahkan itu belum dapat diakses oleh sebagian besar pengguna bahkan selama itu karena alasan biaya. Sistem file FAT bekerja dengan baik pada floppy disk dan juga pada hard drive kecil asli karena cukup efisien dan membutuhkan biaya overhead yang rendah. Begitu mulai digunakan - dan penggunaannya menyebar luas karena mudah diterapkan - produsen tidak dapat memberi tahu penggunanya bahwa data lama mereka tiba-tiba tidak valid.
Demikian pula, untuk pengguna Linux, katakanlah, driver NTFS yang stabil sudah lama datang, sehingga menjaga perangkat yang diformat sebagai FAT berarti mereka dapat dibaca dan ditulis di berbagai sistem.
Pada (b) - pikirkan perbedaan antara sistem yang, katakanlah, menyimpan, milyaran catatan basis data berbasis teks dan satu yang menyimpan file media sepanjang DVD. Untuk databse, setiap record bisa sangat kecil - mungkin hanya 30 atau 40 byte dan tentu saja sistem file yang mengalokasikan seluruh 'segmen' (namun Anda ingin mendefinisikannya) disk cenderung boros ruang disk. Tidak demikian halnya dengan DVD - 'segmen' yang lebih besar (tentu saja dengan alasan) cenderung sangat efisien dalam hal ruang.
Jadi sistem file yang berbeda dirancang untuk tujuan yang berbeda.