Dalam kasus model Poisson, saya juga akan mengatakan bahwa aplikasi sering menentukan apakah kovariat Anda akan bertindak secara aditif (yang kemudian akan menyiratkan tautan identitas) atau multiplikatif pada skala linier (yang kemudian akan menyiratkan tautan log). Tetapi model Poisson dengan tautan identitas juga biasanya hanya masuk akal dan hanya dapat secara stabil sesuai jika seseorang memaksakan batasan nonnegativitas pada koefisien yang dipasang - ini dapat dilakukan dengan menggunakan nnpoisfungsi dalam addregpaket R atau menggunakan nnlmfungsi dalamNNLMpaket. Jadi saya tidak setuju bahwa seseorang harus cocok dengan model Poisson dengan kedua identitas dan tautan log dan melihat mana yang akhirnya memiliki AIC terbaik dan menyimpulkan model terbaik berdasarkan pada dasar statistik murni - lebih tepatnya, dalam banyak kasus itu ditentukan oleh struktur yang mendasari masalah yang berusaha dipecahkan atau data yang ada.
Misalnya, dalam kromatografi (analisis GC / MS) orang akan sering mengukur sinyal yang ditumpangkan dari beberapa puncak berbentuk Gaussian dan sinyal yang ditumpangkan ini diukur dengan pengali elektron, yang berarti bahwa sinyal yang diukur adalah jumlah ion dan karena itu didistribusikan Poisson. Karena setiap puncak memiliki definisi tinggi positif dan bertindak secara aditif dan kebisingannya adalah Poisson, model Poisson non-negatif dengan tautan identitas akan sesuai di sini, dan model log tautan Poisson akan jelas salah. Dalam rekayasa, kehilangan Kullback-Leibler sering digunakan sebagai fungsi kerugian untuk model seperti itu, dan meminimalkan kerugian ini setara dengan mengoptimalkan kemungkinan model Poisson-link nonnegatif identitas (ada juga langkah-langkah divergensi / kehilangan lainnya seperti divergensi alfa atau beta yang memiliki Poisson sebagai kasus khusus).
Di bawah ini adalah contoh numerik, termasuk demonstrasi bahwa tautan identitas biasa yang tidak dibatasi Poisson GLM tidak cocok (karena kurangnya kendala nonnegativitas) dan beberapa detail tentang cara menyesuaikan model tautan-identitas non-negatif yang menggunakan model Poisson menggunakannnpois, di sini dalam konteks mendekonvolusi superposisi terukur puncak kromatografi dengan derau Poisson pada mereka menggunakan matriks kovariat berpita yang berisi salinan bergeser dari bentuk terukur satu puncak tunggal. Nonnegativitas di sini penting karena beberapa alasan: (1) itu adalah satu-satunya model realistis untuk data yang ada (puncak di sini tidak dapat memiliki ketinggian negatif), (2) itu adalah satu-satunya cara untuk secara stabil menyesuaikan model Poisson dengan tautan identitas (seperti jika tidak, prediksi untuk beberapa nilai kovariat menjadi negatif, yang tidak masuk akal dan akan memberikan masalah numerik ketika seseorang mencoba untuk mengevaluasi kemungkinannya), (3) tindakan nonnegativitas untuk mengatur masalah regresi dan sangat membantu untuk mendapatkan perkiraan yang stabil (misalnya Anda biasanya tidak mendapatkan masalah overfitting seperti dengan regresi tidak terbatas biasa,kendala nonnegativitas menghasilkan perkiraan sparser yang seringkali lebih dekat dengan kebenaran dasar; untuk masalah dekonvolusi di bawah ini, mis. kinerjanya sama baiknya dengan regularisasi LASSO, tetapi tanpa mengharuskan seseorang untuk menyetel parameter regularisasi apa pun. ( L0-pseudonorm dihukum regresi masih berkinerja sedikit lebih baik tetapi dengan biaya komputasi yang lebih besar )
# we first simulate some data
require(Matrix)
n = 200
x = 1:n
npeaks = 20
set.seed(123)
u = sample(x, npeaks, replace=FALSE) # unkown peak locations
peakhrange = c(10,1E3) # peak height range
h = 10^runif(npeaks, min=log10(min(peakhrange)), max=log10(max(peakhrange))) # unknown peak heights
a = rep(0, n) # locations of spikes of simulated spike train, which are assumed to be unknown here, and which needs to be estimated from the measured total signal
a[u] = h
gauspeak = function(x, u, w, h=1) h*exp(((x-u)^2)/(-2*(w^2))) # peak shape function
bM = do.call(cbind, lapply(1:n, function (u) gauspeak(x, u=u, w=5, h=1) )) # banded matrix with peak shape measured beforehand
y_nonoise = as.vector(bM %*% a) # noiseless simulated signal = linear convolution of spike train with peak shape function
y = rpois(n, y_nonoise) # simulated signal with random poisson noise on it - this is the actual signal as it is recorded
par(mfrow=c(1,1))
plot(y, type="l", ylab="Signal", xlab="x", main="Simulated spike train (red) to be estimated given known blur kernel & with Poisson noise")
lines(a, type="h", col="red")
# let's now deconvolute the measured signal y with the banded covariate matrix containing shifted copied of the known blur kernel/peak shape bM
# first observe that regular OLS regression without nonnegativity constraints would return very bad nonsensical estimates
weights <- 1/(y+1) # let's use 1/variance = 1/(y+eps) observation weights to take into heteroscedasticity caused by Poisson noise
a_ols <- lm.fit(x=bM*sqrt(weights), y=y*sqrt(weights))$coefficients # weighted OLS
plot(x, y, type="l", main="Ground truth (red), unconstrained OLS estimate (blue)", ylab="Peak shape", xlab="x", ylim=c(-max(y),max(y)))
lines(x,-y)
lines(a, type="h", col="red", lwd=2)
lines(-a_ols, type="h", col="blue", lwd=2)
# now we use weighted nonnegative least squares with 1/variance obs weights as an approximation of nonnegative Poisson regression
# this gives very good estimates & is very fast
library(nnls)
library(microbenchmark)
microbenchmark(a_wnnls <- nnls(A=bM*sqrt(weights),b=y*sqrt(weights))$x) # 7 ms
plot(x, y, type="l", main="Ground truth (red), weighted nnls estimate (blue)", ylab="Signal (black) & peaks (red & blue)", xlab="Time", ylim=c(-max(y),max(y)))
lines(x,-y)
lines(a, type="h", col="red", lwd=2)
lines(-a_wnnls, type="h", col="blue", lwd=2)
# note that this weighted least square estimate in almost identical to the nonnegative Poisson estimate below and that it fits way faster!!!
# an unconstrained identity-link Poisson GLM will not fit:
glmfit = glm.fit(x=as.matrix(bM), y=y, family=poisson(link=identity), intercept=FALSE)
# returns Error: no valid set of coefficients has been found: please supply starting values
# so let's try a nonnegativity constrained identity-link Poisson GLM, fit using bbmle (using port algo, ie Quasi Newton BFGS):
library(bbmle)
XM=as.matrix(bM)
colnames(XM)=paste0("v",as.character(1:n))
yv=as.vector(y)
LL_poisidlink <- function(beta, X=XM, y=yv){ # neg log-likelihood function
-sum(stats::dpois(y, lambda = X %*% beta, log = TRUE)) # PS regular log-link Poisson would have exp(X %*% beta)
}
parnames(LL_poisidlink) <- colnames(XM)
system.time(fit <- mle2(
minuslogl = LL_poisidlink ,
start = setNames(a_wnnls+1E-10, colnames(XM)), # we initialise with weighted nnls estimates, with approx 1/variance obs weights
lower = rep(0,n),
vecpar = TRUE,
optimizer = "nlminb"
)) # very slow though - takes 145s
summary(fit)
a_nnpoisbbmle = coef(fit)
plot(x, y, type="l", main="Ground truth (red), nonnegative Poisson bbmle ML estimate (blue)", ylab="Signal (black) & peaks (red & blue)", xlab="Time", ylim=c(-max(y),max(y)))
lines(x,-y)
lines(a, type="h", col="red", lwd=2)
lines(-a_nnpoisbbmle, type="h", col="blue", lwd=2)
# much faster is to fit nonnegative Poisson regression using nnpois using an accelerated EM algorithm:
library(addreg)
microbenchmark(a_nnpois <- nnpois(y=y,
x=as.matrix(bM),
standard=rep(1,n),
offset=0,
start=a_wnnls+1.1E-4, # we start from weighted nnls estimates
control = addreg.control(bound.tol = 1e-04, epsilon = 1e-5),
accelerate="squarem")$coefficients) # 100 ms
plot(x, y, type="l", main="Ground truth (red), nonnegative Poisson nnpois estimate (blue)", ylab="Signal (black) & peaks (red & blue)", xlab="Time", ylim=c(-max(y),max(y)))
lines(x,-y)
lines(a, type="h", col="red", lwd=2)
lines(-a_nnpois, type="h", col="blue", lwd=2)
# or to fit nonnegative Poisson regression using nnlm with Kullback-Leibler loss using a coordinate descent algorithm:
library(NNLM)
system.time(a_nnpoisnnlm <- nnlm(x=as.matrix(rbind(bM)),
y=as.matrix(y, ncol=1),
loss="mkl", method="scd",
init=as.matrix(a_wnnls, ncol=1),
check.x=FALSE, rel.tol=1E-4)$coefficients) # 3s
plot(x, y, type="l", main="Ground truth (red), nonnegative Poisson nnlm estimate (blue)", ylab="Signal (black) & peaks (red & blue)", xlab="Time", ylim=c(-max(y),max(y)))
lines(x,-y)
lines(a, type="h", col="red", lwd=2)
lines(-a_nnpoisnnlm, type="h", col="blue", lwd=2)
