Model longitudinal dalam R dan WINBUGS atau JAGS

Saya sudah mencoba menggunakan R agar sesuai dengan beberapa model longitudinal, kebanyakan melalui lmerdan nlmepaket. Namun, tampaknya banyak model standar yang kurang, seperti model antedependensi atau model analitik faktor untuk matriks kovarian. Model-model ini sudah tersedia di SAS.

Adakah yang akan merekomendasikan paket lain untuk pekerjaan di R? Saya tidak terlalu peduli jika saya terbiasa bekerja di dunia yang sering atau bayesian selama saya memiliki lebih banyak fleksibilitas pemodelan. Saya juga akan tertarik untuk melakukan itu di WINBUGS / JAGS.

r jags panel-data

— Antonio Pedro Ramos
sumber

Sulit memberi saran - mungkin Anda harus memposting tautan atau menentukan secara detail model apa yang ingin Anda gunakan. Anda dapat melakukan apa saja di WINBUGS / JAGS karena Anda menulis sendiri modelnya, jadi jika Anda tahu persis apa yang Anda inginkan, Anda bisa melakukannya.

— Penasaran

Juga, jika Anda mencari fleksibilitas pemodelan, maka pasti pergi untuk WINBUGS / JAGS. Dalam R, Anda hanya dapat melakukan apa yang mereka siapkan untuk Anda, tetapi dalam bayesian Anda benar-benar bebas melakukan apa saja (untuk harga waktu belajar, dan Anda perlu memahami model dengan sangat baik).

— Penasaran

Saya melihat Anda juga mengajukan pertanyaan ini di r-sig-mixed-models@r-project.org... sebaiknya jangan kirim silang, atau setidaknya nyatakan secara eksplisit bahwa Anda melakukan lintas posting. (Saya pikir r-sig-mixed-modelsmungkin akan menjadi lebih bermanfaat.)

— Ben Bolker

Saya memiliki beberapa set data dan saya ingin bereksperimen dengan struktur kovarian yang berbeda. Saya tidak memiliki model tunggal, spesifik yang ingin saya muat tetapi saya ingin mencoba sebagian besar yang dasar, seperti yang tersedia di dukungan

Omong-omong, ini mungkin lebih baik untuk situs statistik Stack Exchange, karena ini lebih tentang menemukan paket yang berguna untuk tujuan statistik khusus ini daripada tentang membuat kode baru di R. Dengan demikian, mungkin ada audiens yang jauh lebih relevan di situs web itu .

— Iterator

Jawaban:

Model longitudinal dan campuran dalam BUGS dibicarakan dalam Ch. 10 Ide Bayesian dan Analisis Data. Di bawah ini adalah tautan ke situs web buku yang memiliki beberapa kode contoh.

http://www.ics.uci.edu/~wjohnson/BIDA/BIDABook.html

— Lembah kecil
sumber

Saya tidak yakin apa yang Anda maksud dengan R yang tidak memiliki "model faktor analitik untuk matriks kovarian" - dapatkah Anda menjelaskan apa yang ingin Anda buat dari SAS? Setahu saya ini layak dengan banyak paket berbeda di R.

Mengenai model antedependensi, ada sebuah buku tentang topik ini yang telah menghubungkan kode R dan contoh-contohnya, di situs web penulis pertama .

Saya tidak yakin apakah WinBUGS akan membawa keberuntungan bagi Anda, tetapi saya akan mulai dengan buku teks yang disebutkan di atas - sepertinya ini otoritatif pada model antedependensi. :)

— Iterator
sumber

Agaknya OP menginginkan struktur kovarians di sini: support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63033/HTML/default/… ... ini pada prinsipnya dapat dibangun melalui corClassesfasilitas di nlme, tetapi tidak sepele dan sebagai Sejauh yang saya tahu belum selesai ...

— Ben Bolker

Maksud saya SAS memiliki lebih banyak opsi untuk struktur kovarians daripada nlme di R, dan semuanya matang; bandingkan: support.sas.com/rnd/app/papers/glimmix.pdf dengan stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/nlme/html/corClasses.html

Saya juga akrab dengan buku yang disebutkan tetapi bagi saya itu lebih mirip buku teori dengan beberapa kode R tetapi tanpa paket R matang.

Jangan tersinggung, tetapi tidak tepat untuk mengatakan "opsi untuk struktur kovarians" - Saya berasumsi Anda bermaksud mengatakan bahwa SAS memiliki lebih banyak opsi untuk menentukan struktur kovarians dalam memperkirakan parameter jenis model parametrik tertentu, benar? Tapi kami tidak membuat banyak kemajuan di sini: apa yang ingin Anda capai? Saya telah membaca dokumentasi GLMMIX (yang agak kumuh dari perspektif statistik - banyak gloss, tidak banyak matematika). Apa yang benar-benar ingin Anda lakukan? (lanjutan)

— Iterator

Saya percaya, dengan kurva belajar sedikit, Anda bisa menggunakan salah satu paket SEM di R: lavaan, OpenMX, atau sem. Saya baru belajar tentang SEM dan paket-paket ini, tetapi tampaknya bagi saya yang lavaanmemiliki sintaks rumus yang mirip dengan pemodelan lain ( lm, lmer) dalam R, dan SEM memungkinkan Anda melakukan banyak hal dengan struktur kovarian Anda.

— Wayne
sumber