Latar Belakang
Saya sedang melakukan meta-analisis yang mencakup data yang dipublikasikan sebelumnya. Seringkali, perbedaan antara perawatan dilaporkan dengan nilai-P, perbedaan paling signifikan (LSD), dan statistik lainnya tetapi tidak memberikan estimasi langsung dari varians.
Dalam konteks model yang saya gunakan, perkiraan perbedaan terlalu tinggi tidak apa-apa.
Masalah
Berikut adalah daftar transformasi ke mana (Saville 2003) yang saya pertimbangkan, umpan balik dihargai; di bawah ini, saya berasumsi bahwa sehingga dan variabel terdistribusi normal kecuali dinyatakan lain:S E = √ α=0,051- α / 2=0,975
Pertanyaan:
diberikan , , dan sarana perawatan dann ˉ X 1 ˉ X 2 S E = ˉ X 1 - ˉ X 2
diberikan LSD (Rosenberg 2004) , , , mana adalah jumlah blok, dan secara default untuk RCBD n b b n = b S E = L S D
diberikan MSD (perbedaan signifikan minimum) (Wang 2000) , , , df =α 2 n - 2 S E = M S D
diberi 95% Confidence Interval (Saville 2003) (diukur dari mean ke batas kepercayaan atas atau bawah), , dann S E = C I
mengingat Tukey's HSD, , di mana adalah 'statistik rentang mahasiswa',q S E = H S D
Fungsi R untuk merangkum persamaan ini:
Contoh Data:
data <- data.frame(Y=rep(1,5), stat=rep(1,5), n=rep(4,5), statname=c('SD', 'MSE', 'LSD', 'HSD', 'MSD')
Contoh Penggunaan:
transformstats(data)
The
transformstats
Fungsi:transformstats <- function(data) { ## Transformation of stats to SE ## transform SD to SE if ("SD" %in% data$statname) { sdi <- which(data$statname == "SD") data$stat[sdi] <- data$stat[sdi] / sqrt(data$n[sdi]) data$statname[sdi] <- "SE" } ## transform MSE to SE if ("MSE" %in% data$statname) { msei <- which(data$statname == "MSE") data$stat[msei] <- sqrt (data$stat[msei]/data$n[msei]) data$statname[msei] <- "SE" } ## 95%CI measured from mean to upper or lower CI ## SE = CI/t if ("95%CI" %in% data$statname) { cii <- which(data$statname == '95%CI') data$stat[cii] <- data$stat[cii]/qt(0.975,data$n[cii]) data$statname[cii] <- "SE" } ## Fisher's Least Significant Difference (LSD) ## conservatively assume no within block replication if ("LSD" %in% data$statname) { lsdi <- which(data$statname == "LSD") data$stat[lsdi] <- data$stat[lsdi] / (qt(0.975,data$n[lsdi]) * sqrt( (2 * data$n[lsdi]))) data$statname[lsdi] <- "SE" } ## Tukey's Honestly Significant Difference (HSD), ## conservatively assuming 3 groups being tested so df =2 if ("HSD" %in% data$statname) { hsdi <- which(data$statname == "HSD" & data$n > 1) data$stat[hsdi] <- data$stat[hsdi] / (qtukey(0.975, data$n[lsdi], df = 2)) data$statname[hsdi] <- "SE" } ## MSD Minimum Squared Difference ## MSD = t_{\alpha/2, 2n-2}*SD*sqrt(2/n) ## SE = MSD*n/(t*sqrt(2)) if ("MSD" %in% data$statname) { msdi <- which(data$statname == "MSD") data$stat[msdi] <- data$stat[msdi] * data$n[msdi] / (qt(0.975,2*data$n[lsdi]-2)*sqrt(2)) data$statname[msdi] <- "SE" } if (FALSE %in% c('SE','none') %in% data$statname) { print(paste(trait, ': ERROR!!! data contains untransformed statistics')) } return(data) }
Referensi
Saville 2003Can J. Exptl Psych. (pdf)
Wang et al. 2000 Env. Racun dan Chem 19 (1): 113-117 (tautan)