- hasilnya peka terhadap parameter model pengganti, yang biasanya ditetapkan pada beberapa nilai; ini meremehkan ketidakpastian; atau Anda harus sepenuhnya Bayesian dan dipinggirkan atas distribusi parameter hiper, yang bisa mahal dan sulit.
- dibutuhkan selusin sampel untuk mendapatkan permukaan pengganti yang baik dalam 2 atau 3 dimensi ruang pencarian; meningkatkan dimensi ruang pencarian membutuhkan lebih banyak sampel
- Optimalisasi Bayesian sendiri tergantung pada pengoptimal untuk mencari permukaan pengganti, yang memiliki biaya sendiri - masalah ini (semoga) lebih murah untuk dievaluasi daripada masalah aslinya, tetapi masih merupakan masalah optimisasi kotak-kendala non-cembung (yaitu, sulit!)
- memperkirakan model BO itu sendiri memiliki biaya
Untuk menyatakannya dengan cara lain, BO adalah upaya untuk menjaga jumlah evaluasi fungsi ke minimum, dan mendapatkan "bang for the buck" maksimal dari setiap evaluasi. Ini penting jika Anda melakukan tes destruktif, atau hanya melakukan simulasi yang membutuhkan waktu yang tidak senonoh untuk dieksekusi. Tetapi dalam semua kasus kecuali yang paling mahal, terapkan pencarian acak murni dan sebut itu sehari ! (Atau LIPO jika masalah Anda setuju dengan anggapannya.) Ini dapat menghemat sejumlah sakit kepala, seperti mengoptimalkan program Optimasi Bayesian Anda.