Analisis Bayesian nonparametrik dalam R

17

Saya mencari tutorial yang baik tentang pengelompokan data dalam Rmenggunakan proses hierarchical dirichlet (HDP) (salah satu metode Bayesian nonparametrik populer dan terbaru).

Ada DPpackage(IMHO, yang paling komprehensif dari semua yang tersedia) Runtuk analisis Bayesian nonparametrik. Tetapi saya tidak dapat memahami contoh-contoh yang diberikan dalam R Newsatau dalam manual referensi paket dengan cukup baik untuk kode HDP.

Bantuan atau penunjuk apa pun dihargai.

Implementasi C ++ HDP untuk pemodelan topik tersedia di sini (silakan lihat bagian bawah untuk kode C ++)

r bayesian clustering nonparametric

— suncoolsu
sumber

13

Berikut adalah beberapa sumber daya online yang menurut saya menarik tanpa memerinci (dan saya bukan spesialis topik ini):

Proses Dirichlet Hierarchical , oleh Teh et al. (2005)
Dirichlet Processes Tutorial yang lembut , oleh El-Arini (2008)
Bayesian Nonparametrics , oleh Rosasco (2010)
Metode Bayesian Non-parametrik , oleh Ghahramani (2005)

Referensi definitif tampaknya

N. Hjort, C. Holmes, P. Müller, dan S. Walker, editor. Bayesian Nonparametrics . Nomor 28 dalam Seri Cambridge dalam Matematika Statistik dan Probabilistik. Cambridge University Press, 2010.

Tentang R, tampaknya ada beberapa paket lain yang perlu ditelusuri jika paket DP tidak sesuai dengan kebutuhan Anda, mis. Dpmixsim , BHC , atau mbsc ditemukan di Rseek.org .

— chl
sumber

Terima kasih. Sebenarnya saya hanya perlu petunjuk untuk paket R. Saya menghargai bantuan Anda! Ngomong-ngomong, bukunya mengagumkan.

— suncoolsu

Namun, saya akan menunggu seseorang untuk mengarahkan saya ke paket R atau tutorial yang menunjukkan bagaimana melakukan pemodelan berbasis HDP di R.

— suncoolsu

@suncoolsu Saya tidak pernah mencoba paket-paket itu; jadi kontribusi saya hanya beberapa googling (karena saya tertarik menggunakan HDP di masa depan, tetapi tidak punya waktu untuk saat ini - ini adalah alasan mengapa saya membuat jawaban saya CW). Saya kira seseorang yang lebih terbiasa dengan metode itu akan memberikan komentar yang berwawasan luas.

— chl

8

Kedua tautan ini memberikan beberapa contoh kode R (dan C) untuk menerapkan campuran normal DP:

Menemukan referensi lain. Bab 15 memiliki kode winbugs DP:

http://www.ics.uci.edu/~wjohnson/BIDA/BIDABook.html

— Lembah kecil
sumber