Menyiapkan Sweave, R, Lateks, Eclipse StatET [ditutup]

12

Beberapa hari yang lalu saya melihat posting tentang cara mengatur SweaveR, yang akan memungkinkan pengguna untuk secara langsung mengekspor hal-hal seperti tabel, grafik, dll ke dalam Lateks. Saya tidak bisa mengikuti petunjuk.

Adakah yang bisa memberikan petunjuk langkah demi langkah tentang cara melakukannya di Mac dan Windows?

r

— GKED
sumber

1

Pertanyaan ini hampir tidak ada hubungannya dengan statistik terapan atau statistik, dan saya akan memilih untuk menutup jika tidak ada jawaban (menyeluruh) yang sudah diberikan.

— chl

1

@ chl, ke mana perginya pertanyaan-pertanyaan ini? Saya menemukan cukup sulit untuk menemukan referensi tentang pengaturan R, sweave dan lateks ketika saya mulai, jadi itu sebabnya saya menjawab.

— richiemorrisroe

1

@richiemorrisroe Yah, setidaknya pemeriksaan cepat pada SO dan Google akan sangat membantu (IMHO). Saya tidak mengkritik pertanyaan itu sendiri, hanya fakta bahwa pertanyaan-pertanyaan seperti itu tidak benar-benar sejalan dengan CV FAQ dan pertanyaan-pertanyaan lain di sini, tetapi saya mungkin salah. Saya telah meningkatkan tanggapan Anda juga sebagai salah satu dari @ PaulHurleyuk. Saya kira pertanyaan ini akan tetap hidup karena jawaban Anda (meskipun sudah ada suara untuk ditutup, yang juga merupakan alasan peringatan saya).

— chl

7

Saya menggunakan Eclipse / StatEt untuk menghasilkan dokumen dengan Sweave dan LaTex, dan menemukan Eclipse sempurna sebagai lingkungan pengeditan. Saya dapat merekomendasikan panduan berikut:

Panduan pdf Longhow Lam
Posting Jeromy Anglim (Catatan ini termasuk info tentang cara menginstal paket RJ yang diperlukan untuk versi terbaru dari StatEt.)

Saya juga menggunakan MikTex di Windows dan menemukan semuanya bekerja dengan sangat baik setelah pengaturannya. Ada beberapa pertanyaan dan jawaban yang bagus tentang Stack Overflow juga.

— PaulHurleyuk
sumber

3

Bagi saya, saya menemukan bahwa Eclipse terlalu banyak dalam pembuatan karya ilmiah. Jadi, untuk Windows, yang saya lakukan adalah sebagai berikut: Instal Miktex 2.8 (? Tidak yakin versi). Pastikan Anda menginstal Miktex ke direktori seperti C: \ Miktex, karena Latx membenci jalur file dengan spasi di dalamnya. Pastikan untuk memilih opsi untuk menginstal paket dengan cepat.

Juga pastikan bahwa R diinstal di suatu tempat yang Lateks dapat menemukannya yaitu di jalan tanpa spasi. Saya menginstal TechNix center sebagai program saya untuk menulis dokumen, tetapi ada banyak lainnya seperti WinEdt, eclipse, texmaker, atau bahkan Emacs. Sekarang, pastikan bahwa Anda memiliki \ usepackage {Sweave} dan usepackage {graphicx} di pembukaan Anda. Karena saya yakin Anda tahu, Anda harus meletakkan <> = di awal potongan R Anda, dan akhiri dengan @. Anda memerlukan paket xtable atau Hmisc untuk mengonversi objek R ke format lateks.

Saya suka xtable, tetapi Anda mungkin perlu melakukan sedikit juggling objek untuk membuatnya menjadi bentuk yang akan diterima xtable (keluaran lm, bingkai data, matriks). Saat menyisipkan tabel pastikan untuk menempatkan opsi results = tex ke mukamu untuk potongan kode, dan jika Anda membutuhkan angka, pastikan bahwa opsi fig = TRUE juga ada di sana. Anda juga hanya dapat menghasilkan satu angka per bongkahan, jadi ingatlah itu. Sesuatu yang harus sangat berhati-hati adalah bahwa kode R berada di ujung kiri halaman, seolah-olah itu tertutup dalam suatu lingkungan maka itu akan diabaikan (ini butuh waktu lama untuk mencari tahu).

Anda perlu menyimpan file sebagai .Rnw - pastikan program tex apa pun yang Anda gunakan tidak menambahkan .tex setelah ini, karena ini akan menyebabkan masalah.

Kemudian jalankan R CMD Sweave foo.Rnw dari baris perintah, atau dari dalam R run Sweave ("foo.Rnw"). Tidak dapat dihindari itu akan gagal di beberapa titik (terutama jika Anda belum melakukan ini sebelumnya) jadi debug saja file .Rnw Anda, bilas dan ulangi.

Jika ini adalah pertama kalinya Anda melakukan ini, mungkin terbukti lebih mudah untuk mengkode semua analisis R dari dalam r, dan kemudian menggunakan pernyataan cetak untuk memasukkannya ke LaTex. Saya tidak akan merekomendasikan ini sebagai ide yang baik, karena jika Anda menemukan bahwa datafile Anda memiliki kesalahan pada akhir prosedur ini (seperti yang saya lakukan akhir pekan lalu) maka Anda akan perlu untuk menjalankan kembali semua analisis Anda, yang jika Anda bisa benar dari dalam lateks dari awal, bisa dihindari.

Juga, perhitungan Sweave dapat memakan waktu, jadi Anda mungkin ingin menggunakan cache paket R untuk menyimpan analisis rerunning. Rupanya paket sorot memungkinkan untuk kode warna kode R dalam dokumen, tetapi saya belum pernah menggunakan ini.

Saya tidak pernah menggunakan lateks atau R pada Mac, jadi saya akan memberikan penjelasan itu kepada orang lain. Semoga ini membantu.

— richiemorrisroe
sumber

2

RStudio (rstudio.org) membuat segalanya menjadi lebih mudah dengan asumsi LaTeX sudah diinstal pada sistem Anda. Ada tombol PDF yang menjalankan kode melalui Sweave kemudian menjalankannya melalui pdflatex dan meluncurkan penampil pdf.

— Frank Harrell
sumber

+1 Saya setuju. Meskipun ini bukan jawaban langsung untuk pertanyaan GKED, saya pikir bahwa pengguna yang mencari alat seperti StatET seringkali sama dengan mereka yang dapat memperoleh manfaat dari RStudio (yaitu, tidak harus pengguna menyelam ke Emacs / ESS dengan penuh semangat). Sementara R Studio dan StatET menawarkan fungsionalitas yang serupa, RStudio menang dalam kemudahan konfigurasi konfigurasi.

— Jeromy Anglim

1

Saya menginstal suite ini baru-baru ini dan mengikuti instruksi sesuai instruksi di sini .

Ada tautan ke semua komponen perangkat lunak yang diperlukan. Saya menggunakan MiKTex untuk semua komponen LaTex.

Ada beberapa jebakan jika Anda berencana untuk menggunakan windows 64-bit karena Anda memerlukan runtime java 64-bit tambahan. Ini cukup mudah untuk diatasi jika Anda pergi ke java.com di IE 64-bit dan memverifikasi instalasi Anda, itu akan mengarahkan Anda ke installer 64-bit yang sebaliknya sulit ditemukan.

Untuk menghindari penyimpangan dengan variabel path, saya cukup mengekstrak folder gerhana di C: \ Program Files karena ini adalah tempat tinggal java dan 64-bit R. Dari sini opsi konfigurasi di gerhana dapat dengan mudah berjalan secara otomatis dan menemukan parameter yang sesuai.

Saya harap ini membantu.

— John
sumber