Tes statistik mana yang harus digunakan untuk menguji pengayaan daftar gen?

Saya telah melakukan percobaan untuk menguji sensitivitas sel terhadap agen kerusakan DNA tertentu. Kami telah menemukan 270 gen yang secara khusus sensitif terhadap obat dan jumlah total gen yang dianalisis adalah 3668. 38 dari 270 gen sensitif diklasifikasikan sebagai "gen perbaikan DNA". Jika jumlah "gen perbaikan DNA" yang terkandung dalam genom adalah 112 dan jumlah total gen dalam gen adalah 3668, apakah pengayaan gen sensitif dalam gen perbaikan DNA? Tes statistik mana yang harus digunakan? Saya akan sangat menghargai jika Anda juga bisa memberi tahu saya beberapa alat untuk menghitung nilai-p secara online.

biostatistics

— Laura
sumber

Praktik standar untuk menguji pengayaan daftar gen adalah dengan melakukan tes hipergeometrik atau, ekuivalen, tes eksak satu sisi . Anda memiliki tabel kontingensi berikut : $2\times2$

\begin{matrix} DNA Repair & Other \\ Sensitive & 38 & 232 & 270 \\ Not Sensitive & 74 & 3324 & 3398 \\ 112 & 3556 \end{matrix}

$\array{& \text{DNA Repair} & \text{Other} \\\text{Sensitive} & 38 & 232 & 270\\\text{Not Sensitive} & 74 & 3324 & 3398 \\ & 112 & 3556}$

Anda dapat melakukan tes Rsebagai berikut:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Yang memberikan hasil yang sangat signifikan:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Perhatikan bahwa saat kami menguji untuk representasi berlebihan (bukan keterwakilan) alternativeparameter ditetapkan ke "greater".

— M. Berk
sumber

Terima kasih banyak atas jawaban Anda. Saya juga berpikir bahwa tes eksak Fisher bisa menjadi metode yang baik untuk analisis. Saya tidak memiliki perangkat lunak statistik untuk melakukan hasil untuk kelas fungsional lainnya yang ingin saya uji juga. Apakah Anda tahu alat "online" untuk mendapatkan nilai dengan semua desimal?

— Laura

Anda dapat mengunduh R secara gratis. Lihat r-project.org Jadi tidak memiliki perangkat lunak yang larut (dan berpikir bahwa Anda memerlukan cara penghitungan online salah Tapi tolong lakukan sedikit pencarian untuk mengetahui sendiri semua hal ini. Lihat saran di stats.stackexchange.com/help/how-to-ask untuk mengajukan pertanyaan yang bagus.

— Nick Cox

@Nick Nasihat Anda bagus, tapi tolong jangan menganggapnya sebagai karakterisasi poster: ungkapan seperti itu terlalu mudah disalahpahami sebagai serangan, yang saya ragu maksud Anda. Karenanya saya menghapus frasa pendahuluan dalam komentar Anda (yang tidak menambahkan informasi).

— whuber

Alat daring yang bagus untuk ini adalah: mathcelebrity.com/fishers_exact_test.php

Bisakah Anda jelaskan tambahan, representasi berlebihan dari apa yang sebenarnya dihitung?

— sdgaw erzswer