Tes apa untuk membandingkan komposisi komunitas?

Semoga pertanyaan pemula ini adalah pertanyaan yang tepat untuk situs ini:

Misalkan saya ingin membandingkan komposisi komunitas ekologi di dua situs A, B. Saya tahu ketiga situs memiliki anjing, kucing, sapi, dan burung, jadi saya mencicipi kelimpahan mereka di setiap situs (saya tidak benar-benar memiliki " diharapkan "kelimpahan untuk setiap hewan di setiap situs).

Jika saya menghitung, katakanlah, lima dari setiap hewan di setiap situs, maka A dan B sangat "mirip" (pada kenyataannya, mereka "sama").

Tetapi jika saya menemukan 100 anjing, 5 kucing, 2 sapi, dan 3 burung di situs A. 5 anjing, 3 kucing, 75 sapi, dan 2 burung di situs B. Lalu saya akan mengatakan bahwa situs A dan B "tidak sama" , meskipun mereka memiliki komposisi spesies yang sama persis.

(Saya membaca indeks Sorensen dan Bray-Curtis, tetapi sepertinya mereka hanya mempertimbangkan ketidakhadiran / kehadiran anjing, kucing, dll., Dan bukan kelimpahan mereka.)

Apakah ada tes statistik untuk menentukan ini?

Saya akan setuju dengan apa yang telah disebutkan bahwa Bray-Curtis dapat menangani kelimpahan serta ada / tidaknya, juga untuk menambahkan buku bagus lain ke dalam campuran: Analisis Komunitas Ekologis oleh McCune dan Grace.

Ada banyak faktor yang perlu dipertimbangkan ketika Anda membandingkan komunitas ekologi dan saya tidak berpikir ada satu tes yang akan melakukan pekerjaan. Ketepatan tes akan sangat tergantung pada jenis pertanyaan yang Anda tanyakan tentang komunitas dan sifat dataset Anda. Pendekatan umum meliputi teknik penahbisan, yang mengatur situs-situs dalam ruang taksonididimensi. Namun jika Anda benar-benar hanya memiliki 2 situs maka ini sepertinya tidak akan berhasil. Uji mantel menghubungkan suatu matriks jarak berdasarkan komposisi (misalnya, jarak Bray-Curtis berpasangan di semua lokasi) dengan matriks jarak berdasarkan faktor-faktor potensial pengaruh lainnya. Kasus paling sederhana bisa berupa jarak euclidean antara situs-situs di ruang angkasa. Situs analisis kelompok cluster sehubungan dengan komposisi komunitas mereka.

Secara umum saya akan mengambil pendekatan menggunakan subset dari banyak alat statistik yang dijelaskan dalam buku-buku di atas untuk memberikan deskripsi statistik tentang perbedaan antara masyarakat yang bersangkutan. Tidak ada ukuran tunggal dari perbedaan dalam komposisi komunitas sehingga statistik digunakan untuk mensintesis data multidimensi menjadi bentuk yang lebih mudah ditafsirkan.

EDIT: Saya juga baru saja memikirkan makalah ini yang menjabarkan banyak opsi yang berbeda dengan cukup jelas dan menyeluruh.

Anderson, MJ et al. 2011. Menavigasi beragam makna keanekaragaman Beta: peta jalan bagi praktisi ekologi. Ekologi Surat 14: 19-28

Jika Anda ingin menguji hyothesis ini, Anda dapat menggunakan Analisis Kesamaan (berdasarkan Bray Curtis atau yang tersedia lainnya), ada prosedur bernama ANOSIM yang diterapkan dalam perangkat lunak PRIMER. Anda dapat melakukan analisis Satu arah, bersarang atau Dua arah. Pilihan (lebih baik) yang lain adalah menjalankan beberapa variasi permutasi permutasi, prosedur yang bagus tersedia dalam PERMANOVA rutin (tersedia di http://www.stat.auckland.ac.nz/~mja/Programs.htm ) Setelah Anda memiliki tes untuk perbedaan signifikan antara situs, Anda dapat menindaklanjuti untuk mengetahui spesies mana yang bertanggung jawab untuk perbedaan yang diamati (rutin IndVal, atau rutin SIMPER). semoga membantu

Karena Anda menyebutkan indeks Sorensen, tampaknya Anda memerlukan skor ketidaksamaan daripada tes perbedaan. (Skor akan memberikan nilai numerik yang menunjukkan perbedaannya. Tes akan memberi tahu Anda apakah perbedaannya signifikan dengan probabilitas yang diberikan.)

Anda dapat mewakili kelimpahan spesies di setiap lokasi dengan histogram. Histogram ini dapat dinormalisasi jika Anda hanya peduli tentang kelimpahan relatif (mis. Kucing dua kali lebih banyak daripada anjing), atau tidak dinormalisasi jika Anda juga peduli dengan angka absolut.

Ada banyak cara untuk mengukur perbedaan histogram. Beberapa yang populer adalah:

• Statistik chi-kuadrat
• Jarak L2
• Jarak persimpangan histogram

Bray-Curtis dan indeks serupa lainnya menggabungkan perbedaan dalam kelimpahan spesies. Selain Legendre dan Legendre, saya juga merekomendasikan buku Charles Krebs, Ecological Methology (1999).