Ada beberapa petunjuk bahwa ini bisa berupa bug python / systemd.
Baris yang tampaknya menunda boot Anda akan tampak seperti itu
16:36:40 kali systemd[1]: system-generators terminated by signal ALRM.
Debian tampaknya memiliki laporan bug untuk sistem berhenti selama 90 detik, yang kedengarannya sangat mirip dengan masalah Anda, dan sepertinya sistem memblokir pada nomor acak.
Baris pertama yang saya dapatkan di dmesg setelah mengetik sesuatu di keyboard adalah "acak: kolam nonblocking diinisialisasi"
systemd-cron tidak menggunakan hashlib Python untuk menghitung md5's; tapi itu tidak membutuhkan sumber keacakan sama sekali.
Sekarang saya melihat bahkan program python kosong dengan hanya baris shebang masih akan memicu penundaan ini; jadi ini harus menjadi bug terkait python runtime.
Dan
Kami percaya bahwa bug yang Anda laporkan telah diperbaiki dalam versi terbaru python3.5
Jadi sebagai langkah pertama coba perbarui versi Python 3.5 Anda