Setelah menghabiskan satu hari penuh untuk masalah ini (menggunakan Virtualbox 5.0.12 di Arch Linux), saya akhirnya menyelesaikannya dengan cara yang disarankan oleh jawaban thomthom. Bagi mereka yang tidak yakin tentang prosedur yang tepat, perintah yang mengkloning seluruh mesin (termasuk foto) adalah:
VBoxManage clonevm --mode all --basefolder </new/path/> --register <VM_to_clone>
Dapatkan nama VM dengan
VBoxManage list vms
Jika perlu, kutip jalur dan nama.
Akhirnya, periksa apakah semuanya baik-baik dan hapus yang asli.
Itu saja, sungguh. Tidak perlu repot dengan file xml atau hex editor. Tidak perlu menggunakan GUI, baik.
http://www.virtualbox.org/manual/ch08.html#vboxmanage-clonevm