MSysGit menambahkan awalan cygwin ke jalur non-cygwin dan kemudian gagal menemukan direktori saat ini

Saya sudah menginstal git Cygwin pada mesin Windows 7 64 bit saya dan sudah berfungsi dengan baik. Namun, saya mendapati diri saya ingin dapat menggunakan git dari program non-Cygwin (khususnya, Windows Vim). Saya telah menginstal MSysGit, yang ditemukan baik oleh program Windows, tetapi sepenuhnya gagal berfungsi karena ia menambahkan awalan Cygwin ke setiap jalur yang disentuhnya dan kemudian mengeluh ketika tidak dapat menemukan repositori git. Berikut ini contoh yang dijalankan di Git Bash:

user@LT ~/vimfiles (master)
$ ls -a
.   .git        .gitmodules  README.md  autoload  colors  vimrc
..  .gitignore  .netrwhist   UltiSnips  bundle    syntax  vimundo

user@LT ~/vimfiles (master)
$ git status
fatal: Not a git repository: /cygdrive/c/Users/user/vimfiles/.git/modules/bundle/fugitive

user@LT ~vimfiles (master)
$ pwd
/c/Users/user/vimfiles

Bagaimana saya bisa memperbaiki hal-hal sehingga MSysGit akan berhenti merusak dirinya sendiri dan mulai menggunakan jalur yang benar?

Saya dapat memperbaiki masalah dengan memeriksa salinan baru repositori dengan MSysGit, daripada mencoba menggunakan yang lama, yang awalnya diperiksa dengan git Cygwin.

Meskipun ini merupakan solusi yang memadai untuk kasus ini, saya masih tertarik untuk mempelajari cara membuat repositori yang kompatibel dengan keduanya.