Ini adalah kekurangan dan solusi yang saya gunakan adalah untuk mengekspor pdf Anda sebagai file ps (postscript). Anda dapat melakukan ini dengan mencetak dokumen dan memilih untuk menyimpan dokumen sebagai catatan tambahan di kotak dialog cetak. Setelah melakukannya, Anda dapat membuka file ps dan mulai menyorot dan tidak tumpang tindih. Penanganannya menyebalkan tapi itu satu-satunya solusi untuk saat ini.
Saya juga mendengar bahwa Anda juga dapat mengunduh Pratinjau 7.0 (maverick) di Yosemite, dan menggunakannya, tetapi saya belum mencobanya sendiri.