Seperti hampir setiap jenis antarmuka komunikasi lainnya, USB diimplementasikan sebagai tumpukan protokol. Tingkat dalam tumpukan ini yang umum untuk semua atau beberapa jenis perangkat ditentukan oleh standar USB sendiri, yang keduanya memungkinkan kompatibilitas dan mencegah setiap perangkat dari melakukan desain protokol yang berlebihan. Lebih jauh, setiap lapisan protokol meringkas detail yang tidak perlu dikhawatirkan oleh lapisan berikutnya. Jadi, ketika Anda benar-benar menulis layer khusus perangkat, Anda hanya memiliki fungsi 'kirim' dan 'menerima' generik yang mendapatkan data dari titik akhir A ke titik akhir B. Anda, sebagai perancang perangkat, tidak perlu peduli bagaimana itu terjadi. Selain itu, level yang lebih rendah dalam stack protokol dapat mengubah implementasi selama mereka mengekspos antarmuka umum ke layer di atasnya. Dengan cara ini, ketika salah satu bagian dari tumpukan protokol berubah, sisa tumpukan tidak harus berubah.protokol mana yang digunakan pada tingkat yang lebih rendah dari tumpukan. Secara umum, setiap lapisan berturut-turut di tumpukan akan merangkum pesan yang dihasilkan oleh lapisan tertinggi berikutnya dalam bidang muatannya sendiri saat pesan sedang dikirim. Ketika pesan diterima, setiap lapisan melepas bagian yang relevan dengan lapisan itu dan meneruskan muatannya ke lapisan berikutnya yang sesuai ke atas tumpukan. Ini berlaku, bukan hanya USB, tetapi hampir setiap bus komunikasi. Tumpukan TCP / IP / Ethernet mungkin yang paling umum digunakan, misalnya. Tugas-tugas yang diberikan lapisan biasanya bertanggung jawab untuk dijelaskan dalam model, seperti model OSI .
Di USB, ada protokol lapisan fisik yang mendefinisikan status voltase / timing / dll. pada kawat dan bagaimana mereka harus ditafsirkan. Protokol ini jelas perlu menjadi bagian dari standar USB itu sendiri, tidak spesifik untuk perangkat yang diberikan (terutama karena tuan rumah tidak memiliki cara untuk mengetahui jenis perangkat apa yang akan dicolokkan ke port USB yang diberikan.)
Selanjutnya, ada protokol manajemen bus, yang digunakan untuk menggambarkan siapa yang dapat berbicara di bus kapan. Ini disebut lapisan akses media dalam model OSI. Di USB lapisan ini dapat disimpulkan sebagai "perangkat dapat mengirimkan ketika tuan rumah memerintahkannya," jadi tidak ada protokol yang rumit pada lapisan ini di USB.
Selanjutnya, ada protokol standar untuk mendeskripsikan paket data dan bagaimana itu harus dialihkan dari pengirim ke penerima. Lapisan ini juga perlu menjadi bagian dari standar USB itu sendiri, sehingga komunikasi awal untuk menemukan jenis perangkat apa yang telah terpasang dapat terjadi sebelum jenis perangkat tertentu benar-benar diketahui oleh tuan rumah. Selain setiap perangkat yang memiliki ID tertentu pada lapisan ini, ada juga konsep di USB dari ID titik akhir. Hal ini memungkinkan setiap perangkat yang diberikan memiliki beberapa titik akhir USB, yang multiplexing dan demultiplexed oleh tumpukan USB standar, banyak dengan cara yang sama dengan soket yang multiplexing dan demultiplexed oleh tumpukan TCP / IP standar. Aplikasi dapat memperlakukan masing-masing titik akhir ini sebagai aliran data terpisah.
Akhirnya, ada protokol yang ditentukan untuk perangkat itu sendiri. Perhatikan bahwa sebenarnya ada beberapa yang sudah dirancang sebelumnya yang disertakan sebagai bagian dari standar USB untuk kasus penggunaan umum, seperti perangkat penyimpanan massal, mouse, keyboard, dll., Sehingga setiap produsen perangkat tidak perlu menemukan kembali roda. Namun, perangkat yang lebih rumit bebas untuk merancang protokol khusus mereka sendiri di lapisan ini. Output dari lapisan ini untuk transmisi yang diberikan dilewatkan sebagai muatan paket data pada lapisan sebelumnya. Perhatikan bahwa, untuk perangkat yang cukup rumit, bagian protokol khusus perangkat itu sendiri dapat dibagi menjadi beberapa lapisan independen, tetapi level yang lebih rendah tidak perlu tahu atau peduli tentang hal itu. Yang perlu mereka ketahui adalah bahwa mereka harus meneruskan serangkaian byte dari host ke titik akhir perangkat tertentu atau dari titik akhir perangkat tertentu ke host. Sekali lagi, memiliki antarmuka standar antara lapisan memungkinkan pemisahan masalah, sehingga satu lapisan tidak harus peduli dengan cara kerja lapisan lain, tetapi hanya data spesifik yang harus dilewati atau diharapkan diterima dari lapisan tepat di atas atau di bawahnya ada di tumpukan.