Bukan jawaban yang sangat bagus karena saya tidak dapat mengutip sumber resmi tetapi mungkin membantu dan terlalu lama untuk berkomentar.
Saya orang Inggris dan istri saya orang Filipina, tetapi sekarang adalah warga negara ganda. Kami belum melakukan perjalanan yang sesuai keinginan Anda, tetapi kami telah melakukan beberapa yang serupa.
Putra kami lahir di Filipina tetapi kami pindah ke Inggris ketika dia masih bayi. Saya pergi ke depan sehingga istri dan putra saya bepergian sendirian. Dia punya paspor Filipina dan dia punya paspor Inggris. Mereka tidak memiliki masalah di kedua ujungnya. Tentu saja, istri saya membutuhkan visa tetapi itu sudah diatur.
Saya dan istri saya membawa putri saudara perempuannya dari Filipina ke Inggris. Ini lebih rumit karena kedua orang tuanya bepergian. Kami membutuhkan dokumen resmi dari orang tua yang memberikan persetujuan mereka dan ini diperiksa dengan cermat ketika kami meninggalkan Filipina.
Belakangan, ketika dia lebih besar tetapi masih anak-anak, putra kami pergi ke Filipina bersama sepupunya yang juga masih anak-anak. Dia memiliki paspor dan dia hanya memiliki Filipina. Mereka tidak memiliki masalah di kedua arah.
Banyak teman Filipina yang bepergian dari Inggris atau Prancis ke Filipina bersama anak-anak mereka tetapi tanpa ayah. Tidak ada yang melakukan prosedur khusus atau memiliki masalah. Mereka hanya membeli tiket dan naik ke pesawat. Saya tidak kenal orang Filipina di Jerman.
Anak Anda akan berhak atas kewarganegaraan ganda, tetapi apakah Anda benar-benar memiliki kedua paspor untuknya? Itu mungkin membuatnya lebih mudah karena tidak ada keraguan bahwa ia dapat memasuki kedua negara.
Karena Anda akan bepergian dengannya, saya tidak mengharapkan masalah. Jika Anda ingin sangat berhati-hati maka hubungi kedutaan Filipina di Jerman sebelum pergi. Untuk tingkat kehati-hatian yang lebih rendah, dapatkan surat dari ayah yang memberikan persetujuannya. Membawa salinan kartu identitas ayah, mis. paspor dan SIM. Juga bawa akta kelahiran putra Anda. Untuk perhatian ekstra, dapatkan surat persetujuan disaksikan oleh orang yang sama pentingnya dengan Anda.