Mereka berbeda. Alasan orang menggunakan istilah itu secara bergantian adalah bahwa di banyak penyeberangan perbatasan (terutama di bandara) satu set orang menangani keduanya.
Bea Cukai adalah tentang barang-barang yang Anda bawa ke negara ini. Apakah diizinkan, jika Anda membayar bea, harus disita dan dibakar, dll. Secara default, tidak ada barang Anda diizinkan masuk, bahkan jika Anda seorang warga negara yang kembali ke rumah.
Imigrasi adalah tentang seseorang yang mengunjungi, berimigrasi, atau kembali ke rumah. Secara default, pengunjung (secara teknis) ditolak kecuali mereka memiliki alasan yang baik dan memenuhi kriteria lain (misalnya, pengunjung ke Kanada dapat ditolak jika mereka memiliki catatan kriminal) dan mereka yang tinggal di sini dibiarkan masuk. Imigran diizinkan masuk jika dokumen yang telah mereka lakukan sebelumnya semuanya benar.
Kedua proses tersebut melibatkan "siapa Anda, dari mana Anda berasal, mengapa Anda datang ke sini, mengapa Anda ada di sana" dan seterusnya. Keduanya melibatkan orang berseragam, paspor Anda, dan mungkin bagasi Anda. Misalnya, jika Anda mengatakan Anda berkunjung selama 3 hari, tetapi Anda telah membawa pakaian berminggu-minggu - mungkin milik Anda semua - bersama dengan barang-barang yang lebih permanen seperti buku, album foto, dan CD, seorang petugas imigrasi mungkin curiga Anda pindah ke sini. Petugas bea cukai mungkin ingin memeriksa barang bawaan Anda untuk barang selundupan, dan penjelasan Anda untuk kunjungan Anda dapat membuat perbedaan antara diperiksa atau tidak. Akibatnya mereka dianggap sebagai proses tunggal dalam pikiran kebanyakan orang.
Untuk menambah kerumitan, banyak maskapai penerbangan tidak akan membiarkan Anda naik kecuali Anda meyakinkan mereka bahwa Anda akan diizinkan masuk di tempat tujuan Anda, dan beberapa bandara (terutama di Eropa) ingin melihat paspor Anda dan dokumentasi terkait imigrasi lainnya beberapa kali sebelum Anda sampai di gerbang keberangkatan. Tak satu pun dari ini dianggap sebagai "pembersihan bea cukai dan imigrasi" tetapi mungkin terasa seperti itu.