Jujur, saya tidak tahu di mana pengaturan Firefox / Aplikasi yang disukai tinggal. Namun, x-www-browser dikelola oleh sistem "alternatif" dalam dpkg. Anda dapat mengubahnya secara interaktif dengan mengetik ini di command prompt:
sudo update-alternatives --config x-www-browser
Jadi, bukan jawaban yang lengkap tetapi mungkin membiarkan Anda meluruskan dan melanjutkan :)
Perbarui
Halaman ini menjelaskan di mana Gnome menyimpan pengaturan aplikasi pilihannya. Halaman tersebut merujuk ke Linux Mint, tetapi prinsip yang sama harus berlaku: http://www.libre-software.net/change-the-default-application-linux-mint-ubuntu
Jadi ya, mereka berbeda.