Beberapa orang percaya bahwa Microsoft memegang paten perangkat lunak atas aspek .NET, dan bahwa sebagai implementasi .NET, Mono melanggar paten tersebut. Dengan demikian orang-orang ini merasa bahwa menggunakan Mono dapat membuat seseorang terbuka untuk tuntutan hukum paten.
Saya kira Mono sangat kontroversial karena hukum paten pada umumnya kontroversial. Tetapi kemudian ada beberapa contoh spesifik di mana entitas yang mempromosikan Mono telah membuat perjanjian dengan Microsoft yang sangat mirip dengan perjanjian paten, yang kemudian dapat dilihat untuk memperkuat argumen Microsoft tentang validitas paten semacam itu. (Tentu saja, Microsoft belum benar-benar memberikan bukti bahwa paten itu ada, sehingga mempertahankan keadaan ketidakpastian, seperti halnya klaim paten yang dilanggar oleh kernel linux.) Perjanjian ini menghasilkan perasaan pengkhianatan dan ketidakpercayaan dari komunitas lain. anggota, karena perjanjian tersebut tampaknya merugikan komunitas secara keseluruhan (dengan meningkatkan risiko paten yang dirasakan) sambil menguntungkan entitas yang membuat perjanjian dengan Microsoft. Jadi itu mengarah ke alasan lain bahwa Mono kontroversial:
Ngomong-ngomong, saya harus menyebutkan bahwa saya menulis dari sudut pandang penonton, dan saya tidak memiliki pengetahuan yang terperinci atau spesifik tentang keseluruhan situasi. Saya telah mencoba untuk tetap tidak memihak dan kebanyakan menghindari kata benda yang tepat untuk menghindari menyeret pertanyaan ini ke dalam kontroversi yang ditanyakan.
Sunting: Dalam komentar, seseorang menunjukkan bahwa Microsoft memiliki janji komunitas untuk tidak menegaskan hak paten terhadap implementasi .NET. Tapi janji itu punya cukup legalitas di dalamnya sehingga saya tidak merasa saya benar-benar bisa yakin bahwa janji itu memberikan perlindungan kedap udara tanpa menyewa pengacara untuk membahasnya. Setelah membacanya, saya bisa memikirkan beberapa celah potensial yang dapat memungkinkan Microsoft untuk menegaskan hak paten atas Mono, tetapi sejak IANAL , saya tidak tahu apakah ada celah yang secara hukum dapat dipertahankan, atau hanya kesalahpahaman saya tentang legalitas Microsoft. Jadi, sementara janji komunitas menggembirakan, itu tentu saja tidak dapat mengakhiri kontroversi di antara kemungkinan tanggung jawab paten Mono.