Dalam lapisan GIMP dapat memiliki saluran alpha atau tidak memiliki saluran alpha. Ketika Anda mencoba menghapus bagian-bagian dari suatu gambar ketika tidak ada saluran alfa Anda mendapatkan warna backround.
Untuk menambahkan saluran alpha, Anda dapat memunculkan dialog Layers dengan menekan Ctrl+ L, klik kanan pada layer yang ingin Anda edit dan pilih Tambah Saluran Alpha di sana.
Dari sana semuanya sangat mirip di Photoshop - yaitu alat Eraser menghapus transparansi, Anda dapat memilih (menggunakan, misalnya, alat Tongkat Sihir) dan menghapus semua yang ada di dalamnya dengan menekan Del, dll.