Satu-satunya perbedaan yang sangat besar antara menginstal hal-hal dari Pusat Perangkat Lunak atau gui lain dan melakukannya dari baris perintah adalah ketika ada masalah.
Pada sebagian besar guis, pesan kesalahan instalasi disembunyikan dan mereka hanya memberi Anda pesan umum bahwa itu tidak berfungsi. Ketika Anda melakukannya dari baris perintah, Anda melihat semua pesan yang dihasilkan. Seringkali, informasi ini dapat digunakan untuk memperbaiki masalah atau itu akan memberi tahu Anda mengapa Anda mungkin tidak ingin memperbaikinya. Misalnya menginstal paket akan merusak atau menghapus paket lain yang sudah diinstal.
Terkadang, sebuah paket gagal diinstal hanya karena salah satu dependensinya tidak diinstal (dan instalasi reguler tidak secara otomatis memperbaikinya seperti yang dilakukan kebanyakan orang). Ketika ini terjadi, Anda sering dapat menginstal paket yang hilang terlebih dahulu dan kemudian instalasi Anda akan berhasil.
Juga, apt-get akan memberi tahu Anda tentang paket terkait lainnya yang "direkomendasikan" bersama dengan paket Anda, sehingga Anda dapat mencarinya dan melihat apakah Anda menginginkannya.
Ini juga melaporkan setiap paket yang diinstal sebelumnya yang mungkin tidak diperlukan lagi dan memberi tahu Anda cara menghapusnya.
Anda seharusnya tidak menambahkan / menghapus paket dari salah satu dari dua langkah terakhir ini tanpa meninjau dengan hati-hati paket yang terlibat, tetapi biasanya aman.
Di Ubuntu 12.04, aplikasi yang baru diinstal ditambahkan ke peluncur secara default, tetapi ini hanya terjadi untuk aplikasi yang diinstal menggunakan Pusat Perangkat Lunak.