Ini adalah pertanyaan yang agak duplikat (lihat Bagaimana mengatur PATH untuk R yang terinstal di direktori saya ) tapi saya memang menemui beberapa masalah baru dengan versi R. yang baru
Saya mencoba menginstal versi baru R (R 3.3.1) di direktori saya sendiri. Saya mengikuti aliran instalasi saya sebelumnya
Tapi saya bertemu dengan masalah yang tidak saya miliki sebelumnya.
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
sepertinya versi zlib terlalu rendah, jadi saya menginstal versi zlib saat ini
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install
kemudian saya mencoba melakukan konfigurasi untuk R lagi seperti:
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"
masih saya memiliki kesalahan yang sama:
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
Kemudian saya perhatikan seseorang menghindari masalah dengan memodifikasi file configure R
Saya mengikuti contoh itu, memecahkan kesalahan zlib. tetapi kesalahan lainnya terjadi. Singkatnya, saya menginstal perpustakaan dependen lainnya
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install
tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6
tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install
tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8
make -j3 && make install
tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"
Konfigurasi tampaknya berfungsi:
R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Source directory: .
Installation directory: $HOME/Programme/R-3.3.1
C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2
Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2
C++ compiler: g++ -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=c++0x -g -O2
Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:
Interfaces supported: X11, tcltk
External libraries: readline, curl
Additional capabilities: PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling
Capabilities skipped: TIFF
Options not enabled: memory profiling
Recommended packages: yes
tetapi ketika saya menelepon
make && make install
masih "membuat" tidak dapat membuatnya sampai akhir:
...
gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status
...
make: *** [R] Error 1
Tindak lanjut: Berdasarkan saran thrig, saya menambahkan baris di bawah ini ke file .cshrc saya
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib
dan
source .cshrc
masalah terpecahkan!
@ thrig, maaf, saya tidak memasukkan informasi konfigurasi saya dengan benar, saya telah mengeditnya untuk membuatnya persis seperti apa yang telah saya lakukan.
—
Juni
Untuk pustaka bersama "tidak ditemukan" peretasan cepat akan diatur
—
mulai
LD_LIBRARY_PATHuntuk memasukkan libdirektori yang diperlukan .
Jika itu saya, saya akan mencoba menginstal dependensi dengan awalan umum seperti
—
steeldriver
--prefix=/opt(daripada subdirektori terpisah --prefix=/opt/zlib-1.2.11dan sebagainya), dan kemudian menetapkan jalur pencarian yang sesuai untuk pkg-configmisalnya export PKG_CONFIG_PATH=/opt/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATHsebelum mengkonfigurasiR
@ thrig. TKS! itu berhasil!
—
Juni
--prefix=$HOME/Programmedan-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/libterlihat seperti dua hal yang berbeda, di mana sebenarnya zlib? (Dan apakah itu dikirimkan dengan*.pcfile sehingga Anda dapat menggunakanpkg-config?)