Tidak ada resep umum. Jika sistem Anda telah terinfeksi oleh trojan tidak dikenal, yang dapat Anda lakukan adalah menginstal ulang.
Jika Anda tahu bahwa trojan beroperasi dengan cara tertentu - misalnya Anda tahu bahwa trojan tidak menginfeksi kernel - mungkin ada cara yang kurang keras untuk memulihkan. Tapi itu sepenuhnya tergantung pada mengetahui bagaimana perilaku trojan. Jika yang Anda miliki hanyalah gejalanya (seperti komputer Anda mengirim spam tanpa persetujuan Anda), tidak ada teknik umum: detektor trojan harus lebih pintar daripada perancang trojan (dan beruntung). Sejauh menyangkut trojans, deteksi dan persembunyian seperti senjata dan baju besi: ada peningkatan teknologi, dan tidak ada pihak yang memiliki keunggulan intrinsik (meskipun penyembunyi memiliki kepala permulaan).
Banyak sistem memiliki saluran distribusi yang aman. Misalnya, ketika Anda menginstal paket dari repositori Ubuntu dengan alat berbasis apt (apt-get, aptitude, synaptic, pusat perangkat lunak, ...), alat memeriksa apakah paket tersebut ditandatangani (diperiksa) oleh seseorang yang dipercaya oleh Ubuntu. (Sebagian besar distribusi memiliki mekanisme yang sama.) Ketika Anda menginstal paket dari PPA, yang dapat Anda ketahui adalah bahwa pemilik PPA memeriksa paket tersebut, yang tidak membantu jika Anda tidak memiliki alasan untuk mempercayai pemilik PPA sejak awal.
Tentang trojan dan pintu belakang, saya sangat merekomendasikan membaca ceramah penghargaan Turing Ken Thompson , Reflections on Trusting Trust . Untuk meringkas, dia mengubah kompiler sehingga ketika menyusun program login, itu akan menambahkan kode yang memungkinkan dia untuk masuk dengan kata sandi rahasia; kemudian dia mengubah kompiler sehingga ketika dikompilasi sendiri, itu akan memasukkan kode untuk menambahkan backdoor; kemudian dia mengkompilasi ulang seluruh sistem (khususnya program login dan kompiler); akhirnya ia mengembalikan sumber kompiler ke sumber asli yang tidak perlu dipertanyakan lagi. Sekali lagi, baca artikel Ken Thompson ; maka Anda juga dapat membaca tandingan David Wheeler , mungkin sebaiknya dipahami melalui artikel blog Bruce Schneier .