Bagaimana saya bisa menggabungkan baris dua file dengan memiliki header yang sama?

Saya ingin menggabungkan dua file berdasarkan data umum yang ada di dalamnya sebagai header.

Berikut ini adalah contohnya

File1

>Feature scaffold1
1   100  g
101 200  g
201 300  g
>Feature scaffold2
1   100  g
01  500  g
>Feature scaffold3
10  500  g
>Feature scaffold4
10  300  g

File 2

>Feature scaffold1
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
200 300 r
>Feature scaffold3
100 200 r
>Feature scaffold4
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Dan inilah jenis output yang saya inginkan:

>Feature scaffold1
1   100 g
101 200 g
201 300 g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
1   100 g
01  500 g
200 300 r
>Feature scaffold3
10  500 g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300 g
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Saya sudah mencoba beberapa awk dan sed tetapi jelas belum berhasil, bagaimana saya bisa melakukan ini?

Awk larutan:

awk '/^>/{ k=$1 FS $2 }
     NR==FNR{ 
         if (!/^>/) a[k]=(a[k]!="")? a[k] ORS $0: $0; next
     }
     k in a{ 
         print $0 ORS a[k]; delete a[k]; next 
     }1' file1 file2

• /^>/{ k=$1 FS $2 }- saat berhadapan sundulan line (yaitu >Feature ...) - menulis kunci kdari tanggal 1 $1dan 2 $2bidang
• NR==FNR{ ... }- Memproses file input 1 ( file1):
  • if (!/^>/) a[k]=(a[k]!="")? a[k] ORS $0: $0- Mengumpulkan garis non-header ke dalam array amenggunakan kunci saat inik
  • next - lompat ke rekaman berikutnya
• k in a- jika kunci saat ini berdasarkan file2catatan dalam array a(berdasarkan file1catatan):
  • print $0 ORS a[k] - cetak catatan terkait
  • delete a[k] - hapus item yang diproses

Hasil:

>Feature scaffold1
1   100  g
101 200  g
201 300  g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
1   100  g
01  500  g
200 300 r
>Feature scaffold3
10  500  g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300  g
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

Pendekatan lain dan membuatnya lebih sederhana.

grep -v '^scaffold' <(awk -v RS='>Feature ' \
    'NF{s[$1]=s[$1]$0} END{for (x in s)print RS""s[x]}' file[12])