Tidak ada alasan khusus untuk membuat perbedaan antara perintah GUI dan CLI.
/usr/bin
milik sistem operasi sehingga, meskipun tidak ada yang menghalangi Anda, sebagai root, untuk melakukannya, Anda tidak boleh memasukkan apa pun di sini. Direktori ini untuk orang-orang yang mendistribusikan perangkat lunak yang terintegrasi dengan OS dan menangani / menghindari konflik nama dengan benar.
/usr/local/bin
adalah direktori umum untuk perangkat lunak buatan lokal. Jika Anda dapat menulis di sini, Anda dapat menggunakan direktori ini.
/opt/<name>/bin
adalah untuk perangkat lunak yang bukan milik OS. Ini adalah lokasi yang baik untuk perangkat lunak bersama.
Direktori rumah Anda adalah milik Anda sehingga Anda bebas untuk meletakkan apa pun yang Anda suka di mana saja di bawahnya, tetapi itu bukan lokasi terbaik jika orang lain perlu menjalankan program Anda.