Protokol SSH ditentukan oleh apa sshdan sshdprogram menerima. (Ada standar yang ditentukan untuk itu, tetapi ini adalah hal setelah fakta dan sebagian besar diabaikan ketika salah satu implementasi menambahkan fitur baru.) Karena ada beberapa implementasi dari itu (OpenSSH, F-Secure, Putty, dll. ) kadang-kadang Anda akan menemukan bahwa salah satu dari mereka tidak mendukung protokol yang sama dengan yang lain. Pada dasarnya, ini mendefinisikan negosiasi otentikasi dan pembuatan aliran data multipleks. Aliran ini dapat membawa satu atau lebih (dengan OpenSSH danControlMaster) sesi terminal dan nol atau lebih terowongan (penerusan koneksi soket dari lokal atau jarak jauh ke sisi lain; penerusan X11 adalah kasus khusus penerusan jarak jauh). Ini juga mendefinisikan "subsistem" yang dapat digunakan melalui aliran; sesi terminal adalah subsistem dasar tetapi yang lain dapat didefinisikan. sftpadalah salah satunya.
sshutilitas menggunakan protokol SSH untuk berbicara dengan sshdkomputer lain. Cara kerjanya tergantung pada versi apa itu (lihat di atas), tetapi intinya adalah berusaha untuk mengetahui versi protokol SSH mana yang akan digunakan, lalu sshdmenegosiasikan metode otentikasi yang didukung, kemudian mencoba untuk mengotentikasi Anda menggunakan salah satu metode tersebut (meminta kata sandi pengguna jarak jauh / frase kunci pribadi paasword / S-Key seperlunya), dan pada otentikasi yang berhasil membuat aliran multipleks dengan sshd.
sshd, seperti yang disebutkan di atas, mengimplementasikan sisi server dari protokol SSH.
sftpadalah subsistem (saat ini, satu-satunya standar) yang didefinisikan dalam sebagian besar sshdimplementasi. Ketika subsistem SFTP diminta, sshdterhubung sftp-serverke sesi subsistem; yang sftpProgram kemudian berbicara untuk itu, mirip dengan ftptetapi dengan transfer file multiplexing pada aliran daripada menggunakan koneksi terpisah dengan ftp.
sutidak ada hubungannya dengan ssh,, sshdatau sftp, kecuali sejauh mungkin ada modul PAM untuk mengatur agar aliran multipleks tersedia di dalam shell atau program yang dijalankan olehnya.